Busqueda en silico de elementos regulatorios en cis (CRMs) en la regulacion de redes transcripcionales: accion de proteinas TGFbeta/SMAD

CAROLINA PEREZ CASTRO

Capital Federal

Simposio; TGFbeta version 20.13: de la mesada a la clinica; 2013

SAIC Charlas satelites

Búsqueda in silico de elementos regulatorios en cis (CRMs) en la regulación de redes transcripcionales: acción de proteínas TGFbeta/Smad. La regulación de la transcripción ocurre a través de la acción coordinada de múltiples factores de transcripción (TFs) que se unen en forma cooperativa a elementos regulatorios en Cis (CRMs) de los genes blanco. Estos CRMs por lo general contienen un número variable de sitios de unión para TFs (TFBSs) involucrados en procesos celulares y fisiológicos relacionados. Experimentos de inmunoprecipitación de cromatina seguido de secuenciación (CHIp-seq) han sido muy efectivos en la detección de TFBSs y su localización al fin de identificar potenciales CRMs a nivel genómico. Sin embargo, debido a condiciones experimentales muchas veces estos ensayos son difícil de reproducir y costosos de realizar a nivel genómico. Es por estas razones que es importante contar con herramientas bioinformáticas que pueda asistir en la identificación de estos CRMs a fin de facilitar el entendimiento de los complejos circuitos regulatorios. En particular, el sostenimiento y la regulación de estados de pluripotencia celular es un ejemplo conocido de circuitos de regulación a nivel transcripcional, donde la familia de proteínas TGFbeta/SMAD cumple funciones clave tanto en el manteniendo de las propiedades de las células madre como en eventos de diferenciación temprana. Mediante el uso de herramientas bioinformáticas hemos intentado predecir blancos moleculares que responden a la vía de señalización de esta familia de citoquinas en células madre.