IBAM   22618
INSTITUTO DE BIOLOGIA AGRICOLA DE MENDOZA
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
IDENTIFICACIÓN Y ANÁLISIS DE LA VARIACIÓN GENÉTICA EN VID MEDIANTE HERRAMIENTAS GENÓMICAS.
Autor/es:
LIJAVETZKY, D
Lugar:
Buenos Aires
Reunión:
Simposio; VIII Simposio Nacional de Biotecnología REDBIO Argentina 2011; 2011
Institución organizadora:
REDBIO Argentina
Resumen:
Se estableció un protocolo para la generación de SNPs a partir de la re-secuenciación de DNAs de 2 fuentes distintas: 1) secuencias “anónimas” de ESTs provenientes de las bases de datos públicas y/o de proyectos “no públicos” (GRAPEGEN); y 2) secuencias de genes candidatos elegidos por su posible participación el rutas metabólicas relacionadas con los caracteres de calidad de la baya. El protocolo general consistió en la amplificación por PCR de DNAs genómicos de 11 cultivares de vid (6 de vino, 3 de mesa y 2 silvestres) utilizando primers diseñados para cada locus a los que se le adicionaron secuencias de reconocimiento para los primers universales “M13 forward” y “M13 reverse”. De esta manera todos los fragmentos amplificados pudieron ser directamente secuenciados con los primers para M13 independientemente de la secuencia de cada locus. Una vez amplificados y verificados por electroforesis en geles de agarosa, una alícuota cada amplificación fue tratada con “EXOSAP-IT” y enviado a secuenciar. Los cromatogramas correspondientes a las secuencias de los cultivares de cada locus de SNP fueron analizados y alineados por medio del programa SeqScape, utilizando el programa BioEdit para la visualización y selección de los SNPs más apropiados para cada caso. Los SNPs fueron agrupados en bloques de 48 SNPs por medio el sistema “on-line” “SNPlex™ Assays” de Applied Biosystems. Dichos bloques fueron luego utilizados para analizar los genotipos de vid (variedades cultivadas, silvestres, poblaciones de mapeo y de autofecundación) agrupados en placas para 384 muestras. Luego de la validación y localización de los SNPs, se seleccionaron los 48 SNPs más informativos (por frecuencia y localización genómica) y se diseñó un set para genotipado de vid mediante el sistema Veracode.