Frecuencias de grupos obtenidos en reconstrucciones filogenéticas bajo distintas fuerzas de remuestreo en Jackknife

KOPUCHIAN, C.; RAMÍREZ, M. J.

Trelew, Argentina

Congreso; VI Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía; 2006

Jackknife y Bootstrap son dos de los métodos utilizados para evaluar el soporte de los grupos obtenidos en las reconstrucciones filogenéticas. Estos métodos de remuestreo pueden producir resultados espurios, especialmente en grupos con bajo soporte. Graficar las trayectorias de las frecuencias de los grupos en función de distintas fuerzas de remuestreo (p en Jackknife), resulta  informativo para detectar este tipo de problemas, y otros como un grupo que es mejor soportado que otro con determinado p y resulta peor soportado en comparación con ese mismo otro grupo con otro p. Si la frecuencia es tomada como un indicador de soporte, entonces las trayectorias no deberían cruzarse entre sí dentro de un rango de probabilidades razonables (por ejemplo, 0<p< 0.5). Cuando dos trayectorias se cruzan, el ranking de los dos grupos está invertido antes y después del punto de intersección, lo que significa que el método produce diferentes rankings para ese grupo con distintas p. Si esto sucede podría deberse a que el método produce resultados inconsistentes, ya que de lo contrario sería esperable que el ranking de grupos sea consistente en el rango de fuerzas de remuestreo entre 0 y p.  El objetivo de este trabajo fue evaluar el comportamiento de las frecuencias de los grupos bajo distintos valores de p en Jackknife y Jackknife simétrico. Para evaluar esto mismo en Bootstrap y Bootstrap con distribución de poisson, se graficaron las frecuencias de los grupos en función de un tamaño de dataset remuestreado (m) variable, siendo m=√-lnp. Se corrieron 11 matrices bajo costos iguales, pesos implicados y, en las matrices de datos moleculares, costos transición: transversión 1:10.  Se graficaron las frecuencias de los grupos obtenidos en las 5000 réplicas realizadas en función de las distintas fuerzas de remuestreo utilizadas (15 valores diferentes de p o m) para cada uno de los cuatro métodos de remuestreo. Como resultado se obtuvieron gráficos en los que los cruces de trayectorias pertenecientes a distintos grupos se producen más en Jackknife que en Bootstrap. Por otro lado, las pendientes son más pronunciadas en Jackknife que en Bootstrap, lo cual resulta útil en la identificación de algunos grupos espurios. Finalmente, se realizó el test de los rankings para evaluar la eficacia de cada método con costos iguales, costos 1:10 transición: transversión, y pesos implicados obteniéndose resultados consistentes con lo ya observado en los gráficos.