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Se analizó la biodiversidad del Alto Paraná en la provincia de Misiones en Argentina sobre la base de datos inéditos y la revisión de la literatura. El Alto Paraná Encajonado posee unas 690 especies de vertebrados tetrápodos (anfibios, reptiles, aves y mamíferos) que representan 81% de todas las que habitan en Misiones. El río Paraná en Misiones tiene 217 especies de peces, un 79% de las especies de Misiones. La región del Alto Paraná Encajonado es una de las áreas con mayor diversidad de la provincia debido a características geomorfológicas y paisajísticas. El río Paraná influye de diversas maneras: a) como corredor para especies tropicales. b) Como corredor de especies de ambientes "abiertos" y "sureñas", y c) como generador de una importante heterogeneidad de hábitats. A pesar de la fragmentación de los bosques, se preservan una alta proporción de las especies de aves selváticas. En los fragmentos más grandes de la región están las últimas poblaciones de yaguareté (Panthera onca), pecarí labiado (Tayassu pecari) y el tapir (Tapirus terrestris) que existen en el río Paraná de Argentina. La región del Alto Paraná es el hábitat de algunas especies que tienen una distribución muy restringida, e incluso algunas son endémicas en Argentina. Entre las plantas encontramos siete especies endémicas de esa región de Argentina en todo el mundo. Existen especies de reptiles sólo conocidos en esta región en Argentina: seis culebras y la yarará (Bothrops moojeni) y la boa arco iris (Epicrates cenchria crassus), considerada en peligro crítico. Entre las aves se destaca el descubrimento de dos especies, antes no registrada en Argentina, exclusivas del Alto Paraná de Misiones: el Atajacaminos halcón menor (Chordeiles pusillus) y la Mosqueta pico de pala (Todirostrum cinereum). A pesar de su biodiversdad existen pocas áreas protegidas en el área.

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