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La producción eficiente de biocombustibles es un tema central a resolver con cierta urgencia; dadas las problemáticas de las relativamente bajas reservas de petróleo y, principalmente, la necesidad de actuar sobre las causas del cambio climático que está afectando a la Tierra. La utilización de almidones y aceites vegetales para producir etanol y biodiesel son dos posibilidades que ya están siendo desarrolladas con algunos logros importantes. Sin embargo, estos procedimientos no serían los más convenientes para la utilización a largo plazo. La riqueza metabólica encontrada en diferentes organismos permite tener un marco referencial general para el desarrollo de estrategias de potencial importancia, no sólo en la obtención de biocombustibles, sino también para encarar el establecimiento de biorrefinerías. Las distintas variantes van desde el uso de desechos celulósicos, la obtención de derivados diferentes al etanol (más adecuados como combustibles) hasta la producción de hidrógeno (el combustible de uso más inocuo para el ambiente). No escapa al planteo experimental la utilización de residuos del propio proceso de producción del biocombustible para convertirlos en compuestos menos tóxicos o de mayor valor. La temática de los biocombustibles está necesariamente asociada al desarrollo de la química verde. Las estrategias a utilizar incluyen el uso de organismos naturales o genéticamente transformados para alcanzar cambios metabólicos; como así también el desarrollo de sistemas enzimáticos aislados, donde la ingeniería de enzimas permite optimizar las propiedades de estabilidad y eficiencia de los catalizadores biológicos. El escenario es amplio y expone un número variado de herramientas moleculares.