IBBM   21076
INSTITUTO DE BIOTECNOLOGIA Y BIOLOGIA MOLECULAR
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Estudios bioinformáticos sobre SMc03140, un factor de transcripción involucrado en la competitividad por la colonización específica de la rizosfera de plantas de la tribu trifoliae
Autor/es:
MAURICIO J. LOZANO; EUGENIA SALAS; EZEQUIEL G. MOGRO; EZEQUIEL G. MOGRO; ANTONIO LAGARES; ANTONIO LAGARES; MAURICIO J. LOZANO; EUGENIA SALAS
Lugar:
Mar del Plata
Reunión:
Congreso; IV Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental; 2018
Institución organizadora:
Asociación Argentina de Microbiología
Resumen:
Ensifer meliloti es una alfa-proteobacteria del suelo capaz de establecer una simbiosis fijadora de nitrógeno con plantas leguminosas del género Medicago. Sin embargo, existe en el suelo una diversidad de rizobios que compiten eficazmente por la colonización rizosférica, sin ser simbiontes eficientes. Este hecho limita, muchas veces, la eficiencia de los productos bioinoculantes. En nuestro laboratorio, hemos identificado cientos de genes cuya mutación provoca un déficit en la colonización rizosférica. Entre ellos, el gen SMc03140, codificante de un factor de transcripción de la familia GntR, involucrado específicamente en la competitividad por la colonización de la rizosfera de plantas de la familia trifoliae. En este trabajo se realizaron diversos estudios bioinformáticos orientados a esclarecer la función de la proteína SMc03140. Los análisis bioinformáticos se realizaron utilizando los siguientes programas: blastp, FFAS03, y HHpred para la búsqueda de homólogos; T-Coffee, Clustalw o Muscle para los alineamientos secuenciales; Phyml o IQ-TREE para la realización de los árboles filogenéticos; los modelos estructurales fueron obtenidos con Modeller; DMINDA2, Melina2 para la búsqueda de motivos secuenciales y predicción de posibles sitios de unión; y la visualización de los alineamientos, árboles filogenéticos y modelos se realizó con Jalview, FigTree y UCSF Chimera respectivamente. SMc03140 es una proteína de la familia GntR (subfamilia HutC) de reguladores transcripcionales. Presenta un dominio wHTH de unión a ADN y un dominio UTRA de unión de pequeñas moléculas. El análisis filogenético de estos dominios por separado reveló que el dominio wHTH presenta una mayor similitud con las proteínas LldR y PdhR de la subfamilia FadR con un dominio consenso de unión TKGT-NNN-ACMA, el cual pudo ser encontrado en secuencias río arriba de los genes SMc03140 y SMc03139. El análisis filogenético del dominio UTRA, junto al análisis bioinformático de las proteínas adyacentes SMc03139 y SMc03138, sugieren que SMc03140 podría estar involucrada en la regulación del metabolismo de amino azucares, siendo el efector algún intermediario fosforilado.