Análisis filogenético de cepas de Bradyrhizobium spp. aisladas de suelos sojeros argentinos

LODEIRO, ANÍBAL R.; PÉREZ GIMÉNEZ, JULIETA; ITURRALDE, ESTEBAN TOMÁS

Rosario, Santa Fé

Congreso; XXIII Congreso Latinoamericano de Microbiología y XIV Congreso Argentino de Microbiología 2016; 2016

Asociación Latinoamericana de Microbiología y Asociación Argentina de Microbiología

Ante la escasez de compuestos nitrogenados asimilables en el suelo se establece una interacción simbiótica entre las raíces de soja y ciertos rizobios de donde surge una nueva estructura llamada nódulo. Allí se producirá la reducción de N2 atmosférico a amonio, forma asimilable por la planta de este elemento. Regularmente, los productores de soja emplean inoculantes que contienen cepas de Bradyrhizobium spp. (B. japonicum o B. diazoefficiens) para proveer de N asimilable a las leguminosas. Hace ya unos años que INTA recomienda que se utilice la especie B. japonicum E109; sin embargo, las empresas pueden comercializar distintas especies de rizobios en sus formulaciones. De este modo, a lo largo de las distintas cosechas, se estableció una población de rizobios noduladores alóctona que derivan de inoculaciones previas y que sobrevivieron en el ambiente. Trabajos desarrollados en otros países de la región demostraron que las poblaciones alóctonas aisladas de suelos con historial de cultivo de soja poseen un alto polimorfismo en comparación con las cepas de los inoculantes. De este modo, nos pareció necesario conocer la diversidad de rizobios noduladores de soja en las poblaciones alóctonas de distintos suelos sojeros argentinos.Nuestro laboratorio consta con un cepario de rizobios provenientes de distintos suelos ácidos con historial de soja, de las cuales se elegieron, diez cepas representativas. Estudiamos sus cinéticas de crecimiento y algunas tienen velocidades de crecimiento similares a E109 y otras levemente menores.Con el fin de iniciar la clasificación de estas cepas alóctonas, se amplificó una región variable del ARNr 16S. El análisis de estas secuencias arrojó una alta similitud de nucleótidos con respecto a cepas pertenecientes a los géneros B. japonicum y B. diazoefficiens.Estudios en filogenia de rizobios, prueban que la secuenciación del ARNr 16S no es suficiente para dilucidar género y especie. Y proponen elaborar árboles filogenéticos concatenando distintos genes housekeeping. Los genes elegidos son recA, atpD y glnII. Por lo tanto, buscamos sus secuencias en distintas especies de Bradyrhizobium para realizar el árbol filogenético que nos permita determinar el género de los rizobios aislados. Secuenciamos los genes de nuestros aislamientos, alineamos las secuencias con el programa BioEdit y las depuramos. Las filogenias fueron realizadas con el programa MEGA7. Se estimaron por los métodos de Maximun Likelihood y Neighbor-Joining con un bootstrap de 1000 con el mejor modelo que se adecuaba a cada conjunto de secuencias, brindado por la plataforma JModelTest. A su vez, concatenamos las secuencias de los tres genes y ejecutamos un nuevo árbol.Con este análisis bioinformático confirmamos que las especies de rizobios están cercanamente emparentadas y que las secuencias de esos genes housekeeping son muy similares entre sí. Además, confirmamos el género de los distintos rizobios aislados.