Genoma completo del granulovirus epinotia aporema (EpapGV): secuencias repetidas y análisis comparativo con otros baculovirus

FERRELLI ML, SALVADOR R, BERRETTA MF, BIEDMA ME, HAASE S, SCIOCCO CAP A, GHIRINGHELLI PD & ROMANOWSKI V.

Buenos Aires

Congreso; X Congreso Argentino de Virología; 2011

Sociedad Argentina de Virología (Asociación Argentina de Microbiología)

EpapGV pertenece a la familia Baculoviridae, específica de insectos. En particular EpapGV es un patógeno natural del lepidóptero Epinotia aporema, plaga de leguminosas, por lo que se lo considera un potencial bioinsecticida. En un estudio preliminar del genoma de este virus se caracterizó un borrador de la secuencia completa, identificándose muchos genes con homología con genes baculovirales y un gen de timidilato kinasa, presente solo en este miembro de la familia.El objetivo de este trabajo fue completar el análisis del genoma completo y depurado, mediante la determinación de una lista final de ORFs, la búsqueda y el análisis de secuencias repetidas y su comparación con otros baculovirus.Se procedió a la secuenciación de aquellos puntos de la secuencia borrador que eran dudosos con primers específicos diseñados para tal fin. Se realizó la búsqueda exhaustiva de secuencias repetidas en el genoma con diferentes herramientas bioinformáticas (blast2seq, VectorNTI, Artemis). Se hizo un análisis de sintenia mediante Artemis Comparison Tool (ACT). El análisis filogenético se realizó en base a los 31 genes presentes en todos los baculovirus.Una vez depurado el genoma se reconsideraron los ORFs previamente detectados en un análisis preliminar, quedando una lista definitiva de 133 ORFs. Los resultados más relevantes respecto de este análisis fueron: la concatenación de marcos independientes correspondientes un mismo ORF y la consideración de nuevos ORFs únicos de EpapGV. Además, se buscó en el genoma la presencia de regiones homólogas (hrs). En primer lugar se detectaron dos palíndromos largos, casi perfectos y homólogos entre sí, en regiones opuestas del genoma. A partir de ellos se buscaron homólogos en el resto de la molécula detectándose 24 palíndromos más pequeños dispersos en el genoma y generalmente agrupados de a 2 ó 3.Por último, el análisis de sintenia reveló un alto grado de colinearidad de genes entre los granulovirus secuenciados hasta el momento aunque en EpapGV se detectó un fragmento invertido de aproximadamente 20 kb.