Simulación in silico del mecanismo de inhibición de un grupo de E-alquenil cumarinas frente a Taq ADN polimerasa

EZEQUIEL BRUNA-HAUPT; HUGO A. GARRO; CARLOS R. PUNGITORE; CARLOS E. TONN

Mar del Plata

Congreso; XX SINAQO 2015; 2015

Un procedimiento de Docking comprende dos pruebas (tasks), generalmenteconsecutivas e independientes. La primer prueba es una búsqueda de cuerpo rígidosobre los grados de libertad rotacionales/translacionales. Esto genera un gran número de soluciones posibles donde las dos estructuras intervinientes se contactan entre sí en muchas orientaciones diferentes teniendo en cuenta sus propiedades estéricas. Posteriormente, las mejores soluciones son seleccionadas mediante la evaluación de un ?Ranking?. La simulación por Dinámica Molecular en biomoléculas es frecuentemente clasificada como química computacional y es usada para estudiar la física de las propiedades moleculares locales como: flexibilidad, distorsión y estabilización; y para estudiar estructuras de rayos-X de proteínas en cortos periodos escalares. Algunos de los más recientes algoritmos de Docking tienen procedimientos de mayor complejidad, por ej. considerar conformaciones alternativas de cadenas flexibles de la proteína o pasos adicionales de optimización post-Docking.En primer lugar se realizó una búsqueda global, ajustando una grilla con unespaciado lo suficientemente grande como para alojar toda la polimerasa. También se realizaron búsquedas restringidas al sitio activo del mismo fragmento de dicha enzima. Esto dio como resultado un Ranking de valores ordenados en bases a la energía de afinidad del ligando por receptor, como ligandos de simulación los compuestos ensayados fueron derivados alquilados cumarínicos que presentan una relación estructura-actividad estrecha. Dichos estudios complementan el ensayo de inhibición in vitro realizado anteriormente, donde se pudieron detectar ciertos inhibidores, pudiéndose determinar los grupos claves y potencialmente responsables de esta actividad.