INTERACCIÓN, IN SILICO, DE CUMARINA CON LA RETROTRANSCRIPTASA DE HIV- 1.

H. A. GARRO; O. A. MARTÍN; C. R. PUNGITORE; C. E. TONN

Mar del Plata

Congreso; XXIX Congreso Argentino de Química; 2012

Asociación Química Argentina

Experimentos "in vitro" realizados en nuestro grupo mostraron la capacidad de cumarina (2H-1-benzopiran-2-ona) para funcionar como inhibidor de la retrotranscriptasa del virus de la leucemia mieloide murina (MMLV). En el presente trabajo evaluamos, "in silico", la capacidad de cumarina de inhibir la retrotranscripatasa HIV-1. El modelado de las interacciones ligando-proteína fue realizado con Autodock y Autodock-Vina, usando PyMOL como GUI. En una primera etapa se realizó una búsqueda de grano grueso a ciegas a fin de localizar el sitio de unión. Una vez identificado el sitio de unión se realizó una búsqueda más detallada restringida al sitio de unión. Las simulaciones de dinámica molecular se realizaron con solvente explicito usando Yasara Dynamics. Los resultados de "docking" muestran que cumarina se une al mismo bolsillo de unión que otros inhibidores no-nucleosídicos. Sin embargo, el modo de unión exacto, es decir la orientación relativa ligando-proteína y el conjunto de las interacciones intermoleculares entre el ligando y la proteína, no puede ser definido a partir de los resultados del "docking". Esto se debe a que los resultados muestran afinidades muy similares para modos de unión distintos. Este fenómeno podría ser producto de la insensibilidad de las funciones de "scoring" usadas en el "docking", de la naturaleza plana y cuasi-simétrica de la molécula de cumarina, del tamaño pequeño de cumarina respecto del sitio de unión o de una mezcla de estos factores. A fin de dilucidar cual de estas opciones (o cual combinación) es la más probable se recurrió a una serie de simulaciones de dinámica molecular. Los resultados de tales dinámicas se discuten en el presente trabajo.