Study by molecular dynamic of the tridimentional structure of ƒÛ-carrageenan in different solvents¡¨

C. FERNANDEZ GAUNA; M. VILLEGAS; S. GUIDUGLI; C. ESTEBAN; S. PAOLETTI; S. PANTANO; J. BENEGAS

REVISTA MEXICANA DE FíSICA

SOC MEXICANA FISICA

Lugar: Mexico; Año: 2009 vol. 56 p. 61 - 68

0035-001X

El k-carragenano es un polisacárido iónico extraído de algas marinas rojas constituido por unidades repetitivas copoliméricas de a-(1-3) D-galactosa 4-sulfato y b-(1-4) 3,6-anhydro-D-galactosa. El conocimiento de las bases moleculares que determinan la conformación tridimensional de este polisacárido es fundamental tanto para comprender las interacciones que llevan a la formación de geles, como para regular sus propiedades industriales. Como sucede con tantos biopolímeros, si bien su estructura primaria es conocida, su estructura secundaria no está aún bien determinada, dependiendo la misma de las condiciones físico-químicas de la solución. En este trabajo proponemos estudiar el efecto de las moléculas de solvente sobre la conformación molecular. Para ello se ha realizado un estudio mediante Dinámica Molecular (MD) de un decámero de las unidades disacarídicas que forman el k-carragenano, con el soluto sumergido en dos solventes moleculares explícitos de muy distintas propiedades: DMSO y agua. Las simulaciones fueron realizadas utilizando el paquete computacional GROMACS MD, utilizando en ambos cálculos átomos de Na+ como contraiones. Se han calculado las trayectorias de los ángulos diedros glicosídicos, los enlaces hidrógenos y las distancias interatómicas más relevantes a la conformación polimérica, mostrándose un buen acuerdo con los resultados experimentales disponibles, así como una coherencia global con cálculos previos de mecánica y dinámica  molecular en agua o vacío.