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Habitualmente resulta más difícil obtener ADN genómico de buena calidad desde árboles que desde el resto de los vegetales, debido a que contienen algunos contaminantes particulares que son co-extraídos con el ADN. Además, la inaccesibilidad a las hojas en muchos ejemplares arbóreos impide la utilización de este tejido para la extracción. En este trabajo se evaluaron tres protocolos de extracción de ADN desde madera de 14 especies pertenecientes a las familias Araucariaceae, Fabaceae, Ephedraceae,Loganiaceae, Anacardiaceae, Capparaceae, Asteraceae, Rhamnaceae y Zygophyllaceae. El material de partida estuvo constituido por tarugos recién colectados, madera seca almacenada por más de 30 años, secciones mantenidas en alcohol 70 %, en fijador (FAA) y secciones incluidas en tacos de parafina. La calidad del ADN extraído se evalúo mediante espectrofotómetro y por amplificación de las regiones utilizadas en el DNA barcoding (ITS, mat K, trn y rcb L). Se presentan los resultados del éxito de amplificación de las combinaciones de tratamientos realizados involucrando las variables especie, protocolo de extracción y tipo de conservación. Utilizando el kit comercial (Qiagen) con incorporación de PVP 2,6 % (p/v) en el buffer de lisis AP1 e incubación ON a 65 ºC, con dos pasos de elución final, se consiguió ADN de calidad suficiente para amplificar las regiones seleccionadas en tarugos recién colectados, alcohol 70 % y madera seca, aunque en menor cantidad comparada con el tejido control (hoja) Los resultados de las muestras conservadas en FAA y parafina fueron variables, debido a la alteración física y química del ADN producida por estos tratamientos. La obtención de ADN de calidad reportada en este trabajo permitirá complementar con datos genéticos algunos estudios ecológicos ya existentes en las especies analizadas.