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La fermentación maloláctica, transformación del ácido L(-) málico en L(+) láctico realizada por las bacterias del ácido láctico, reduce la acidez de los vinos a la vez que mejora su estabilidad microbiológica y sus atributos organolépticos, rindiendo productos más equilibrados y armónicos. En la región del Comahue (Norpatagonia Argentina), este proceso es llevado a cabo por las bacterias lácticas naturalmente presentes en el mosto (fermentación espontánea) y numerosos factores (calidad del sustrato, ecología microbiana y prácticas enológicas) influyen significativamente sobre su desarrollo. El objetivo de este trabajo fue evaluar la evolución de las fermentaciones malolácticas espontáneas asociadas a vinificaciones de diferentes variedades de uvas tintas realizadas en bodegas patagónicas bajo diferentes prácticas enológicas. Diferentes variedades de uvas tintas procedentes de 11 viñedos regionales se vinificaron a escala industrial a través de fermentaciones alcohólicas espontáneas o conducidas por un cultivo iniciador comercial a 22±2 ºC durante las vendimias 2008 al 2014. Las cinéticas de los procesos fermentativos se siguieron por evolución de los grados Baumé y de azúcares reductores totales (fermentación alcohólica) y por evolución de los ácidos L (-) málico y L (+) láctico (fermentación maloláctica); las cinéticas de crecimiento microbiano se caracterizaron por métodos microbiológicos clásicos en placas de agar conteniendo medios específicos para levaduras y bacterias lácticas. Estos grupos microbianos se identificaron al nivel de especie utilizando métodos clásicos y moleculares y la discriminación de individuos en las poblaciones de Saccharomyces cerevisiae se realizó por métodos moleculares.Comparaciones entre diferentes variedades de uva y fermentaciones alcohólicas conducidas puso en evidencia un alto índice de fracasos (ausencia o cinéticas muy retrasadas) de las fermentaciones malolácticas en vinificaciones de las variedades Pinot noir (55%) y Merlot (33%), resultado que se mantuvo entre años para los mismos lotes de mostos. Por otro lado, dentro de la misma variedad de uva el índice de fracasos de las fermentaciones malolácticas fue mayor en las vinificaciones con fermentaciones alcohólicas conducidas que en las realizadas con fermentaciones alcohólicas naturales. Estos resultados evidencian la presencia de interacciones negativas entre la calidad del sustrato (variedad de uva) y el cultivo comercial de S. cerevisiae y la biota de bacterias lácticas, interacciones que afectan particularmente la extensión de las poblaciones de Oenococcus oeni.