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Myotis chiloensis es una especie de murciélago endémica de la Patagonia argentina y chilena, que se alimenta principalmente de dípteros y lepidóteros. En Patagonia el único registro helmintológico para el género Myotis es el nematode Allintoshius baudi (Vaucher y Durette-Desset, 1980) de Myotis aelleni en la provincia de Chubut. El objetivo de este trabajo es comparar la helmintofauna del tubo digestivo de M. chiloensis de una población del bosque con una de la zona de ecotono. Se colectaron mediante redes de niebla, 16 murciélagos en la localidad de El Manso (41°36?S ? 71°34?O) y 17 en Cuesta del Ternero (41°54?S ? 71°25?O), provincia de Río Negro, en 2011 y 2014, respectivamente. Los ejemplares se fijaron en formaldehido 4% o en alcohol 96%. Se contabilizaron e identificaron los parásitos del tubo digestivo bajo microscopio estereoscópico y óptico. Se calcularon los parámetros poblacionales y el Índice de diversidad de Shannon para cada sitio. En total se contabilizaron 1258 endoparásitos. La comunidad de helmintos de El Manso estuvo compuesta por 3 especies de digeneos, 2 de cestodes y 1 de nematode. En Cuesta del Ternero se hallaron 3 especies de digeneos y 1 de nematode. Sólo las 3 especies de digeneos estuvieron presentes en ambos sitios. En El Manso se registraron los mayores valores de prevalencia, intensidad media, abundancia y diversidad de parásitos. Si bien ambos sitios están próximos a cursos de agua, son más abundantes en el El Manso donde domina el bosque de Nothofagus, siendo un ambiente más húmedo que Cuesta del Ternero que presenta un cipresal abierto. Estas características influyen en el tipo y la disponibilidad de alimento de los murciélagos y podrían determinar la composición y estructura de las comunidades de helmintos en las dos poblaciones de M. chiloensis.