INIBIOMA   20415
INSTITUTO DE INVESTIGACIONES EN BIODIVERSIDAD Y MEDIOAMBIENTE
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Optimización del análisis de la expresión génica por RT-qPCR para genes foto-inducibles
Autor/es:
COLABELLA, F; GOMEZ-CASATI, D; LIBKIND, D
Lugar:
Santiago
Reunión:
Jornada; IV Jornadas Sudamericanas de Biología y Biotecnología de Levaduras; 2013
Resumen:
En la actualidad, la PCR cuantitativa es el método más empleado para estudiar la expresión de genes particulares, debido a su alta sensibilidad, reproducibilidad y rango dinámico. La selección de una correcta estrategia de normalización es uno de los pasos críticos en la optimización de la técnica, por lo que en los últimos años se comenzó a utilizar la media geométrica de más de un gen interno de referencia (GR) para evitar el problema de la variación de expresión que podría surgir al usar uno solo de ellos. El objetivo principal de este trabajo fue evaluar un par de GR para el análisis de la expresión de los genes potencialmente involucrados en procesos foto-inducibles en la levadura Phaffia rhodozyma (Xanthophyllomyces dendrorhous). Se seleccionaron los genes ACT1 (subunidad alfa de la proteína estructural actina) y el gen PDA1 (subunidad alfa del complejo piruvato deshidrogenasa), debido a sus diferentes funciones celulares para minimizar el riesgo de co-regulación. Se utilizaron los primers de ACT1 previamente reportados y se diseñaron primers para PDA1 en P. rhodozyma utilizando los programas Primer3 y mfold. Luego de calcular las eficiencias reales de amplificación, se evaluaron el coeficiente de variación (CV) y la variación pareada promedio (M), las cuales deben ser menores a 25% y 0,5 respectivamente (valores óptimos para GR expresados establemente en muestras homogéneas). Una cepa patagónica de P. rhodozyma fue cultivada bajo dos condiciones lumínicas (Luz blanca vs. Oscuridad) y se analizaron tres replicas para cada condición en 2 tiempos diferentes de cultivo (A y B). Los valores de CV y M determinados fueron de 13,04% y 0,40 para el tiempo A y 17,29% y 0,50 para el tiempo B, respectivamente. Esto evidencia la estabilidad en la expresión del par de GR elegidos y su aplicabilidad a este tipo de estudios para P. rhodozyma en las condiciones ensayadas.