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Las especies del género Nothofagus son las dominantes en los bosques templados del Sur de Argentina y Chile. Entre ellas, N. nervosa (Raulí) es una especie de importancia económica que ha sido seriamente afectada por la sobreexplotación. Por ello, el INTA EEA Bariloche ha implementado programas de conservación y domesticación de esta especie forestal. Las ectomicorrizas constituyen una simbiosis entre las raíces de las plantas y distintos hongos del suelo que está directamente relacionada con la absorción de agua y nutrientes, y por lo tanto con la aptitud vegetal. Las ectomicorrizas son capaces de incrementar el crecimiento o facilitar el establecimiento y desarrollo de la planta, siendo por ello importantes para la optimización de programas de domesticación y restauración vegetal. El objetivo de este trabajo fue analizar la abundancia y diversidad de ectomicorrizas asociadas a N. nervosa en condiciones naturales y en plantas cultivadas en vivero. Para ello se utilizaron técnicas tradicionales y análisis moleculares. Se observó que los porcentajes de colonización y la riqueza de ectomicorrizas registrados para los ejemplares cultivados en vivero fueron significativamente menores a los observados en el bosque. Las especies fúngicas ectomicorrícicas también fueron diferentes entre los sistemas estudiados. Este trabajo aporta información relevante para plantear futuras recomendaciones de cultivo, inoculación y manejo, fundamentales para establecer estrategias de conservación y uso sustentable de los sistemas naturales, necesarias para obtener beneficios económicos, ecológicos y sociales de nuestros ecosistemas.