INVESTIGADORES
CHEHIN Rosana Nieves
congresos y reuniones científicas
Título:
Identificación de un nuevo motivo de oxidoreducción de cobre en proteobacterias
Autor/es:
ROSANA CHEHÍN
Lugar:
Cartagena de Indias- Colombia
Reunión:
Conferencia; I Jornadas Iberoamericanas sobre Bioinformática; 2005
Institución organizadora:
Red Iberoamericana de Bioinformática
Resumen:
Uno de los principales objetivos de la biología computacional es la asignación de funciones a proteínas a partir del análisis de sus secuencias. Los algoritmos más usados tales como BLAST y FASTA no son lo suficientemente sensible para identificar miembros divergentes de una familia de proteínas. El uso de motivos asociados a funciones específicas se ha transformado en una herramienta muy útil para identificar homólogos remotos de una familia de proteínas. Las bases de datos de dominios y motivos más frecuentemente usadas   como PROSITE,  PFAM, BLOCKS, SMART o INTERPRO, clasifican a las proteínas en grandes familias, pero no ayudan demasiado a identificar miembros de una sub-familia, lo cuál es indispensable en los procedimientos de anotación de secuencias. Alcanzar un “fine tuning protein functional clustering” es una asignatura pendiente dentro de la bioinformática clásica y grandes proyectos se están llevando adelante para obtener un reordenamiento de las bases de datos uniendo a los algoritmos comparativos datos obtenidos del conocimiento experimental. La familia de proteínas encargados de transportar o detoxificar metales de transición en microorganismos y mamíferos comparten cierta similitud de secuencia que les permitió ser agrupados dentro de la familia HMA (Heavy Metal Associated) en PROSITE y PFAM. Sin embargo, el particular metabolismo de cada uno de los metales pesados debería ser cuidadosamente explorado con el objeto de reorganizar la gran familia HMA y agrupar las proteínas en sub-familias. Teniendo en cuenta estos estudios estructurales, alineamientos múltiples de secuencia y una exhaustiva búsqueda y comparación de motivos de secuencia relacionados a la oxidoreducción de metales, analizamos el dominio III de NDH-2 y buscamos homólogos en todas las bases de datos públicas accesibles. Seleccionamos 19 secuencias homólogas donde se pueden diferenciar tres regiones claramente conservadas a las que llamamos submotivos. El primer submotivo encontrado o SMA  es congruente con el ubicuo fingerprint de Eggink´s que representa el segundo motivo de unión a FAD característico de una familia de flavoproteinas con la sintaxis T-x(4)-[AVFILY](4)-G-[DE]; el submotivo b (SMB) representa el sitio de unión a Cu (I), con la sintaxis CXXC y el tercer submotivo (SMc) con la sintaxis (QxxHQ) estaría relacionado con la unión de cobre II. Este análisis nos permitió describir un nuevo motivo o “signature” presente en el dominio III de NDH-2 y muy conservado en sus homólogos capaz de definir una subfamilia dentro de HMA que incluiría aminoácidos relacionados específicamente a la unión y ciclo redox del cobre. Con el objeto de definir un motivo de secuencia para la subfamilia de proteínas relacionada a la reducción de cobre, asociamos los tres submotivos descriptos previamente y proponemos la siguiente sintaxis: [T(V)]-x(4)-[AVFILYGW](4)-G-D-C-x(2)-C-x(4,12)-[VAL]-P-x(2)-[AG]-Q-[AVS]-A-[H(Y)]-Q-[MQE]-[AG]