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Tradicionalmente los hongos fueron identificados a partir de caracteres morfológicos; la incorporación de caracteres bioquímicos e isoenzimáticos no redundó en el aporte de caracteres diagnósticos y de valor taxonómico. La implementación de los AFLPs en hongos, provee de un gran número de marcadores altamente polimórficos y reproducibles, que posibilitan determinar el grado de similitud genética entre diferentes niveles taxonómicos. Esta técnica presenta la indudable ventaja de no requerir información genética previa del organismo a estudiar. El presente trabajo representa un estudio preliminar sobre la implementación de la técnica AFLP para su utilización como herramienta para la discriminación de morfoespecies y el estudio de la variación genética en Lodophanus, Saccobolus y Colletotrichum (Ascomycota). En el caso de las especies de los géneros Lodophanus y Saccobolus, la homogeneidad morfológica y citológica registrada impide una identificación precisa en muchas de ellas. Por otro lado, si bien se sabe que varias especies del género Colletotrichum serían causantes de la antracnosis, en nuestro país se desconoce el espectro de especies existentes, asi como tampoco se han encarado estudios para conocer la variabilidad genética. Se obtuvieron los patrones AFLP mediante el empleo de cebadores pre-selectivos MseI+0/EcoRI+0 y de varias combinaciones de cebadores selectivos MseI+1/EcoRI+2 o EcoRI+3 y electroforesis vertical en geles de poliacrilamida (6%) desnaturalizantes teñidos con nitrato de plata. Se optimizó el protocolo de AFLP y se analizó el número de bandas totales, discriminando entre polimórficas y monomórficas. Se evaluó la utilidad de la técnica para la resolución de los problemas taxonómicos en cada uno de los taxa estudiados.