Mecanismo de inhibición de la actividad arginina quinasa de Trypanosoma cruzi por parte de la delfinidina y predicción de su modo de interacción

MARTÍNEZ SAYÉ M; REIGADA C; MIRANDA MR; VALERA VERA E; PEREIRA CA

Evento virtual

Jornada; XXXII Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Protozoología; 2020

Sociedad Argentina de Protozoología (SAP)

La arginina quinasa de T. cruzi (TcAK) cataliza la transferencia de fosfato entre arginina yfosfoarginina para mantener el balance ATP/ADP, está involucrada en respuesta a estrés, ytiene un gran potencial farmacológico por ser una enzima ausente en mamíferos. Algunoscompuestos polifenólicos son capaces de inhibir esta enzima, y la delfinidina fue predichamediante herramientas computacionales como un posible inhibidor de la enzima. En estetrabajo se medió la actividad TcAK en presencia de distintas concentraciones de delfinidina,arginina, y ATP para determinar el mecanismo de inhibición, para calcular los parámetroscinéticos Km y Vmax. Se observó que para ambos sustratos la Vmax disminuye a medidaque aumenta la concentración de inhibidor, mientras que la Km no mostró variacionesestadísticamente significativas. Esto señala un mecanismo de inhibición no competitiva paraambos sustratos. Se produjo un modelo de la interacción mediante acoplamiento molecularcon AutoDock Vina en los dos bolsillos con mayor probabilidad de unión de ligandos segúnel software fPocket 2.0. Las poses mejor puntuadas interactuaban con el bolsillo de uniónde ATP, a pesar de que en la cinética de inhibición no se mostraba competición con estesustrato, lo que podría significar que el inhibidor se une a una conformación de la proteínadiferente a la cual se une el ATP. Se re-evaluaron con NN-Score 2.0, una red neuronalentrenada con datos experimentales de complejos proteína-ligando, y la mejor pose seevaluó por dinámica molecular con GROMACS 5.1. En la simulación la proteína adquirióuna conformación diferente a la de unión a sus sustratos, reajustando la posición de ladelfinidina, que mantuvo la interacción con gran parte de los residuos predichos en elacoplamiento. Estos resultados permiten la búsqueda y diseño de nuevos inhibidores de laenzima con mejores características farmacocinéticas y farmacodínamicas que puedan serexplorados como tratamiento de la enfermedad de Chagas.