INQUIMAE   12526
INSTITUTO DE QUIMICA, FISICA DE LOS MATERIALES, MEDIOAMBIENTE Y ENERGIA
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
La presencia del agua como elemento revelador de la estructura del ligando en proteinas que unen Carbohidratos
Autor/es:
GAUTO DIEGO
Lugar:
Universidad Nacional de Quilmes
Reunión:
Workshop; Biologia Computacional de Proteinas; 2009
Institución organizadora:
Universidad Nacional de Quilmes
Resumen:
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Para comprender la interacción entre
biomoléculas, resulta relevante preguntarse cuál es el rol que
cumple el solvente en dicha interacción y si existe alguna relación
entre la forma en la que dichas biomoléculas se vinculan con las
aguas circundantes y su modo de unión. Con el objeto de responder
estos interrogantes, se estudio la estructura de solvatación
Galectina-3, Concanavalina A, módulos CBM40 y CBM32 de Sialidasa
multimodular de Bacteria y Ciclofilina A mediante simulación de
dinámica molecular en solvente explicito.
Para
analizar la estructura de solvatación en los sitios de unión, se
calcularon las funciones de distribución radial y angular
traslacional de las moléculas de agua de aquellos átomos capaces de
formar puente de hidrógeno con el ligando. En base a esto, se
pudieron definir aquellas zonas de la proteina que interaccionan con
el ligando en donde la probabilidad de encontrar moléculas de agua
fuera máxima, dichas regiones fueron llamadas Water
Sites
(WS)
Luego,
utilizando como referencia la estructura del complejo proteína
ligando, se busco correlacionar las propiedades termodinámicas de
los WS con la posibilidad de que el mismo fuera ocupado por un átomo
del ligando en el complejo. Los
resultados muestran que aquellos WS con mayor probabilidad de ser
ocupados por moleculas de agua tienden a ser reemplazados por los
oxidrilos del ligando. Esta información podria ser utilizada para
predecir estructuras de complejos, cuando la misma no esta disponible
o sugerir modificaciones en la estructura de ligandos biomimeticos
para modificar su afinidad o especifidad por la proteina blanco.