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Las selvas subtropicales de montaña de origen andino del noroeste argentino (conocidas como Yungas) son reconocidas por su diversidad de flora y fauna. Sin embargo, su diversidad microbiana ha sido poco estudiada. Debido a que se estima que más del 99% de los microorganismos presentes en el suelo no son cultivables, existen en el área de la ecología microbiana molecular varios métodos independientes del cultivo para evaluar su diversidad, entre los cuales, el análisis comparativo de secuencias de los genes ribosomales es una de las herramientas más poderosas. En este trabajo se utilizó el enfoque de pirosecuenciación de la región hipervariable V4 del gen ribosomal 16S, para analizar la diversidad de las comunidades bacterianas de suelos prístinos. Se analizaron suelos de 6 sitios dentro de áreas protegidas en las provincias de Jujuy y Salta (PN Calilegua y PN El Rey), correspondientes a selva montana de diferentes alturas (1200 y 1400 m.s.n.m.), dos de ellos muestreados en la misma época en años distintos (año por medio).El conjunto de datos filtrados incluyó un total de 62.903 secuencias. Las curvas de rarefacción indicaron un alto grado de diversidad microbiana. Las comunidades bacterianas de los suelos de diferentes alturas son diferentes, y también las de un mismo suelo en años distintos (p<0.001.).Estas incluyen representantes de 13 phyla, tres grupos con categoría de phylum pero aún sin nombre formal, y dos grupos sin asignación taxonómica. Muchas de las secuencias corresponden a grupos desconocidos, incluso a nivel de orden. Si bien las diferencias observadas en las comunidades bacterianas de un mismo suelo en dos años distintos son un indicador de la alta diversidad presente en estos suelos, estas diferencias podrían deberse a que el relevamiento de la diversidad resultó algo incompleto y se está revelando y comparando solo una parte de la comunidad cada año.