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Las selvas subtropicales de montaña de origen andino (Yungas) del NOA representan un reservorio de biodiversidad. La franja altitudinal más baja, selva pedemontana, tiene una larga historia de conversión a uso agrícola. El impacto de esta transformación sobre la diversidad de flora y fauna es conocido, pero es poco lo que se conoce sobre las comunidades microbianas de sus suelos. Se analizaron suelos de 10 sitios, en tres fincas con lotes con distintos años de uso agrícola y sitios prístinos adyacentes, utilizando pirosecuenciación del gen 16S rRNA. Se obtuvieron 103.220 secuencias, de ellas 19.482 correspondieron a secuencias únicas. Las curvas de rarefacción indicaron un alto grado de diversidad microbiana, la diversidad intra-sitio tendió a ser más alta en algunos suelos cultivados que en los prístinos. Los gráficos de coordenadas principales utilizando coeficientes de distancia de Jaccard y de Bray-Curtis, mostraron un agrupamiento según el uso y la finca de origen, los cuales fueron confirmados mediante diferentes pruebas estadísticas de la estructura de la comunidad bacteriana (AMOVA, homova y Libshuff). Se construyeron dendrogramas que se analizaron con valores de corte desde 0,03 hasta 0,10 y de determinó la asignación taxonómica más probable de cada grupo. Los grupos obtenidos a 0,10 corresponden a 143 familias diferentes. Nueve familias presentaron diferencias significativas en su distribución por sitio. Sin embargo, estas diferencias no pudieron atribuirse a los cambios en el uso del suelo. Aunque estos resultados sugieren que a nivel taxonómico no existen diferencias entre usos del suelo, los análisis de la estructura de la comunidad bacteriana sí muestran diferencias. Esto puede deberse a que una fracción importante de las bacterias del suelo no tiene una asignación taxonómica o ésta es incompleta, mientras que los análisis de estructura de la comunidad utilizan todas las secuencias disponibles.