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La introducción de las metodologías moleculares y los análisis metagenómicos en muestras ambientales han abierto nuevas perspectivas para comprender la diversidad en ambientes acuáticos. Usando estas herramientas basadas fundamentalmente en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la generación de bibliotecas ambientales y la secuenciación de los fragmentos de DNA amplificados, ha sido posible determinar la presencia de linajes totalmente novedosos que no tenían representantes en cultivo. Sin embargo, a pesar de que estas técnicas son altamente reproducibles y específicas, muchas veces dependen del diseño de los cebadores universales, que a pesar de ser elegidos como específicos de cierto grupo pueden amplificar fragmentos de DNA de otros grupos. Los resultados pueden estar sesgados por diversos motivos, a veces puede ocurrir por azar y otras el sesgo puede ser atribuido al uso de información que se repite en la literatura sin verificación. Es el caso del uso de cebadores universales específicos para fitoeucariotas que pueden perfectamente amplificar secuencias de Archaea marinas en muestras de las fracciones más pequeñas del fitoplancton. Otro tipo de resultados controversiales se pueden obtener cuando se usan cebadores universales para amplificar fragmentos ribosomales de cianobacterias formadoras de floraciones. Cuando cohabitan especies muy relacionadas, es posible obtener secuencias que presenten un alto porcentaje de identidad (> 95%) lo que las agrupa juntas en un análisis filogenético. Es necesario, entonces, un soporte experimental adicional para identificar las cepas que cohabitan. En conclusión, estas herramientas son muy poderosas para poner en evidencia nuevas especies, confirmar la identidad de otras descriptas y/o dilucidar la caracterización taxonómica de otras, pero la robustez de los resultados sólo se logra si son acompañados por rigurosos estudios taxonómicos y fisiológico-bioquímicos.