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Las alteraciones ocasionadas por las prácticas agrícolas en la biota edáfica pueden ser detectadas tempranamente a través del monitoreo de las comunidades microbianas del suelo, dada su alta sensibilidad y rápida respuesta. En este trabajo se evaluó la estructura, funcionalidad y actividad de las comunidades microbianas en suelos bajo diferentes prácticas agrícolas, empleando distintas metodologías independientes y complementarias. Se analizaron suelos bajo labranza convencional (LC) o siembra directa (SD), fertilizados o no con fósforo, y con maíz o soja como cultivo antecesor. Para analizar la estructura y funcionalidad potencial de las comunidades se determinaron los perfiles genéticos por PCR-DGGE y los perfiles fisiológicos de utilización de sustratos carbonados en microplacas (CLPP). Además, la actividad microbiana se evaluó mediante la hidrólisis de diacetato de fluoresceína (FDA) y en un ensayo de descomposición de rastrojo bajo condiciones controladas. Los perfiles genéticos de las comunidades bacterianas mostraron diferencias entre tipos de labranza, siendo estas diferencias mayores en los suelos con antecesor maíz. No se observaron agrupamientos claros en los CLPP. La hidrólisis de FDA, y por ende la actividad microbiana global, fue mayor en suelos bajo SD que bajo LC, pero solo cuando el cultivo antecesor fue soja. La descomposición de rastrojo a los 140 días fue mayor en suelos bajo SD para ambos cultivos. La fertilización fosforada pareció no tener efecto sobre la estructura y función de las comunidades microbianas. De los factores analizados la labranza fue el de mayor influencia sobre la estructura y la actividad microbiana y la magnitud de sus efectos dependió del cultivo antecesor.