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La evaluación de la calidad de los embriones en los estadios de mórula y blastocisto fue establecida originalmente en forma morfológica para los programas comerciales de transferencia de los embriones obtenidos, por medio de tratamientos superovulatorios en las especies domésticas y humana. La caracterización óptica no invasiva de las particularidades de tamaño, forma, apariencia, simetría e intensidad de color de las células embrionarias, permite asignarle al éxito de la transferencia de los embriones un valor predictivo. Debido a las características propias de la evaluación, tiene un valor estimado, el cual alcanza un grado de coincidencia entre evaluadores de 89% para el estadio y 70% para el grado de calidad y permite tasas de gestación de hasta 70% con embriones frescos y receptoras adecuadas. Las diferencias observadas no residen tanto en el desarrollo o las calidades extremas (excelente vs. mala), sino en los grados intermedios, que limitan entre sí (bueno vs regular), cuya línea divisoria se desplaza ligeramente hacia una u otra clasificación, según el evaluador. Por otro lado, la biotecnología de producción in vitro de embriones también se desarrollo ampliamente en el mundo, en diferentes especies con promisorios resultados, particularmente en la humana y bovina. Con los programas actuales de producción de embriones bovinos 30% a 40% de los ovocitos fecundados desarrollan a blastocisto para luego ser transferidos. Los primates son la única excepción animal en la que los embriones en estadios de división reciente pueden ser transferidos al útero. Esa particularidad le ofreció a la FIV humana la posibilidad de transferir estadios tempranos, esto es, luego de breves tiempos de cultivo (2 a 3 días). De manera que en los últimos 20 años es una práctica habitual la transferencia de embriones de 4 a 8 células (D3), resultando en una tasa de gestación de 20% a 30%. Aunque no existe hasta el momento evidencia que indique que la transferencia de blastocistos de día 5/6 es mejor que la de embriones de 2/3 días, recientemente se inició una tendencia a cultivar los embriones humanos hasta el estadio de blastocisto, para incrementar las tasas de implantación hasta 50%. Si en lugar de la habitual transferencia de 2 a 3 embriones por paciente se transfiriera 1 blastocisto, ello contribuiría a evitar las gestaciones múltiples. Por ello, una apropiada evaluación morfológica de los blastocistos se convirtió también en un desafío para los especialistas en reproducción asistida humana, quienes incrementaron los estudios para precisar mejor la estimación de la calidad del blastocisto. El uso y desarrollo de una mejor técnica no invasiva de observación con la lupa estereoscópica, para determinar mejor qué embriones pueden transferirse con éxito y cuáles deben ser descartados, es esencial para el trabajo en un programa de TE. Sin embargo con el progreso de otras biotecnologías como la producción in vitro de embriones, la transferencia nuclear y la transgénesis, cobra trascendencia la aplicación de técnicas invasivas para eliminar las dificultades tecnológicas inherentes a la diferentes formas in vitro de producción de embriones. Esas técnicas incluyen métodos ópticos de estudio de imágenes como la microscopía electrónica y el microscopio confocal, que permite la observación en diferentes cortes del embrión. Las tecnologías ópticas, combinadas con los estudios moleculares permiten también estudios de la calidad del embrión, actualmente conocidos cono bioimágen (bioimaging). Algunas de las técnicas moleculares son también el resultado natural de las propias observaciones estructurales, como es el caso de los embriones con fragmentación celular o perdida de blastómeros, la cual es considerada como indicadora de apoptosis o muerte celular programada. En consecuencia la observación de embriones con blastómeros desprendidos podría constituir un marcador no invasivo de apoptosis en el embrión. En el presente capítulo se presentarán el desarrollo embrionario y las diferentes formas de evaluación no invasiva e invasiva de los embriones y sus relaciones con las alteraciones estructurales, moleculares y la gestación.