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En los últimos años cada vez más grupos interdisciplinarios, compuestos por investigadores de las ciencias humanísticas y químicas, encaran el estudio y la caracterización de los materiales que dan cuenta de los procesos de manufactura de objetos y/o de representaciones plásticas que fueron desarrollados por grupos sociales del pasado. Sin embargo, una y otra disciplina tiene preguntas y procedimientos propios que deben articularse en función del objetivo en común y/o de sus problemas específicos. En nuestro caso particular el trabajo en conjunto está dirigido al estudio de la producción de las pinturas rupestres y de los procesos que conllevan a su alteración o deterioro. Para ello fue necesario diseñar un protocolo de trabajo cuyos lineamientos pautaran e integraran diferentes aspectos relevantes y significativos al momento de la elección y secuencia de aplicación de cada una de las técnicas analíticas a ser utilizadas, como así también en la interpretación de los resultados obtenidos. Dicho protocolo reúne variables de distinta naturaleza, destacándose: (i) el registro y documentación de las variables ambientales del sitio intervenido (humedad, vientos, temperatura, exposición de la luz solar); (ii) su emplazamiento (coordenadas geográficas, altitud, topografía, geología); (iii) los agentes de deterioro (biológicos, químicos y físico-químicos); (iv) materiales a ser utilizados para la realización de calcos; (v)la adquisición de muestras para análisis (forma y herramientas para la extracción, lugares de extracción, guarda y conservación hasta su ingreso al laboratorio), y (vi) el registro documental. En este contexto presentamos un protocolo para el estudio interdisciplinario de pinturas rupestres que garantiza la correcta interpretación cultural de los datos analíticos obtenidos, destacándose el uso de la microscopía Raman. Esta es una técnica no-destructiva que permite la identificación de materiales inorgánicos y orgánicos, siendo eficaz en el procesamiento de muestras de pequeño tamaño sin requerir su preparación previa.