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En la ecorregión Pampa el reemplazo de ecosistemas seminaturales por agroecosistemas es la principal causa de declinación de la biodiversidad. La intensificación agrícola ha llevado a la desaparición de ambientes prístinos y a la declinación de los ensambles de aves que caracterizan la región. Solo quedan pocos relictos de estos hábitats dentro de una matriz modificada por la agricultura. En este trabajo, nuestro principal objetivo fue identificar las diferencias y similitudes en la estructura del ensamble de aves de los relictos de humedales salinos y en ambientes transformados por la agricultura en la Estancia Las Dos Hermanas, sureste de Córdoba. Se realizaron censos estacionales asistemáticos y por puestos de observación para analizar la riqueza, diversidad y gremios tróficos de cada tipo de ambiente. Desde el año 2012 al 2015 se registraron 172 especies en total incluyendo especies globalmente amenazadas. Los resultados indican que las especies de aves y los gremios se asociaron en forma diferencial a los diferentes tipos de vegetación. Los valores más altos de la riqueza de las aves se registraron siempre en los sistemas de vegetación florísticamente y estructuralmente más complejos (arbustales) y los valores más bajos en las estructuras más simplificadas (cultivos). La elevada riqueza total registrada reivindica la importancia de la Estancia Las Dos Hermanas para la conservación de las aves. Nosotros concluimos que para conservar la integridad y la diversidad de aves de los hábitats aún existentes, es fundamental promover prácticas que maximicen la coexistencia espacial de fisonomías contrastantes de vegetación (por ejemplo pastizales y matorrales), tanto por condiciones naturales o como resultado de las actividades humanas tales como el pastoreo. Esto genera altos valores en la diversidad total del paisaje y tiene un efecto positivo en la diversidad de las comunidades de aves en la región pampeana.