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El género Helianthus comprende tanto especies anuales como perennes. Tiene un número básico de x=17. A pesar de los numerosos estudios realizados, el conocimiento de las relaciones filogenéticas del género es todavía incompleto. El objetivo del trabajo fue analizar las relaciones entre las especies hexaploides, H. resinosus y H. tuberosus, y diploides tanto anuales como perennes. Con el uso de microsatélites de cloroplasto (SSRcp) se determinaron haplotipos entre 10 especies diploides anuales, 7 diploides perennes y 2 hexaploides, utilizando a Verbesina y Viguera como grupos externos. Se generó una matriz de distancia SSR-haploide a partir de la cual se llevó a cabo el análisis de Coordenadas Principales (ACP) mediante el programa GenAlEx6. Además se realizó GISH sobre cromosomas de H. tuberosus con ADN de las especies diploides perennes. Se obtuvieron 42 alelos SSRcp y 22 haplotipos. En el ACP ninguna de las especies diploides se ubicó cercana a las hexaploides y dentro del grupo de las diploides no hubo una clara diferenciación entre anuales y perennes. Esto podría deberse al flujo interespecífico unidireccional de cloroplasto a través de introgresión y el muestreo aleatorio de los linajes citoplasmáticos. El GISH mostró fuerte señal de hibridación con H. mollis, H giganteus y H. ciliaris, lo que indicaría que las especies parentales de H. tuberosus podrían estar relacionadas con estas tres especies diploides. Esto concuerda con las últimas clasificaciones basadas en ADN ribosomal ETS, en las que estas especies están en el mismo clado que la especie hexaploide.