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Para determinar calidad de agua se suelen medir parámetros fisicoquímicos y microbiológicos. Una combinación de variables se constituye en un buen indicador cuando sus valores son sensibles a la variabilidad entre (espacial) y dentro (temporal) de ambientes y produce clasificaciones con bajo error. En este trabajo se evaluaron cinco variables físico-químicas (temperatura, pH, oxígeno disuelto, conductividad, turbidez) y cuatro indicadores microbiológicos de contaminación (coliformes totales y fecales, Escherichia coli, Enterococcus) en cinco ambientes acuáticos de Salta. El objetivo del análisis fue determinar si dichas variables en su conjunto tienen potencialidad discriminatoria para diferenciar los ambientes respecto a su calidad de agua e identificar un subconjunto de éstas que, sin pérdida significativa de capacidad discriminatoria entre ambientes, demande un menor esfuerzo de medición. Se trabajó con análisis de componentes principales, discriminantes y procedimientos backwards de eliminación de variables para evaluar errores de clasificación de distintas funciones de discriminante lineal. Mediante modelos lineales mixtos se estimó la variabilidad espacial y temporal de cada una de las variables. Para cuantificar la similitud entre ambientes se calcularon las distancias euclídeas entre los centroides en el espacio discriminante. La estructura de correlación de variables resultó diferente dentro de cada ambiente y la mejor combinación de seis variables para discriminar los mismos incluyó pH, oxígeno disuelto, conductividad, coliformes fecales, E. coli y Enterococcus. Con dicha combinación, la tasa de error de clasificación fue del 7.3%, siendo el Dique Campo Alegre y el Río Arenales en las cercanías de una planta de tratamiento de efluentes cloacales los ambientes más disímiles y los Ríos Wierna y Vaqueros, los más similares.