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La microbiota intestinal es coexiste en equilibrio dinámico con el hospedador e influye decisivamente en su estado de salud. El proceso de colonización de la microbiota en el recién nacido constituye un estímulo esencial para el desarrollo de las defensas y la tolerancia oral a los antígenos de la dieta. Se considera que dicho proceso, así como la presencia o ausencia de determinadas bacterias, determinan la susceptibilidad a sufrir infecciones y enfermedades de base inmunológica en etapas tempranas y posteriores de la vida. La enfermedad celíaca es una enteropatía causada por una reacción inmune anómala a las proteínas del gluten de los cereales, que implica tanto a la inmunidad innata como adquirida. La obesidad es consecuencia de una alteración entre la ingesta y el gasto energético, asociada también a un estado de inflamación crónica. En este contexto, se están evaluando las interacciones entre la dieta, los factores genéticos y la composición de la microbiota intestinal en pacientes y recién nacidos de riesgo de padecer enfermedad celíaca y obesidad, a fin de identificar factores de patogenicidad y riesgo de padecer estas enfermedades. Asimismo, se están evaluando las propiedades beneficiosas y mecanismos de acción de potenciales probióticos con fines preventivos y terapéuticos para estas patologías. En este proceso se está valorando la idoneidad de los criterios de evaluación generalmente aceptados para la selección de probióticos, y la posibilidad de definir marcadores moleculares de sus funciones biológicas