PROIMI   05436
PLANTA PILOTO DE PROCESOS INDUSTRIALES MICROBIOLOGICOS
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Identificación de secuencias plasmídicas en genomas borrador de dos géneros de Actinobacteria
Autor/es:
PADILLA FRANZOTTI, CARLA LUCIANA; SARACHO, HAYDE; MORE, SILVIA CAROLINA; KURTH, DANIEL
Lugar:
Buenos Aires
Reunión:
Simposio; 5º Simposio Argentino de Estudiantes de Bioinformatica; 2020
Institución organizadora:
RSG Argentina
Resumen:
Los plásmidos son moléculas de ADN extracromosomales circulares o lineales, que se replican de manera autónoma. La secuenciación de genomas bacterianos ha generado un gran número de genomas ?borrador? donde no se detalla la presencia de plásmidos. Sin embargo, existen varias herramientas que permiten predecir secuencias plasmídicas en base a datos crudos de secuenciación, y pueden aportar a la identificación de nuevos plásmidos. Esta identificación aportaría nuevos datos para comprender la diversidad y evolución de plásmidos, particularmente en géneros poco estudiados.En este trabajo estudiamos genomas de dos géneros de Actinobacteria de importancia sanitaria y ambiental: Streptomyces y Micrococcus. Para cada genoma se generaron contigs por ensamblado de lecturas obtenidas de la base de datos SRA-NCBI. Se utilizaron cuatro herramientas independientes de homología para la predicción de plásmidos: PlasFlow, cBar, Recycler y plasmidSPAdes. Además, enfrentamos las predicciones con el repositorio de plásmidos online PLSDB, el cual incluye un amplio conjunto de plásmidos completos de la base de datos NCBI, con el fin de comprobar la presencia de secuencias novedosas.Los genomas ensamblados resultaron fragmentados, en general. Aun así, los métodos de predicción empleados fueron capaces de identificar secuencias potencialmente plasmídicas. De 46 cepas de Streptomyces analizadas se predijeron 446 secuencias que corresponderían a plásmidos o fragmentos de los mismos, incluyendo 120 que corresponderían a elementos circulares. Estas secuencias en promedio tenían una longitud de 6385 pb y un contenido de GC del 67,5%. Por otra parte, de 9 cepas de Micrococcus se encontraron 130 secuencias, de las cuales 78 podrían corresponder a plásmidos circulares. En este caso, las secuencias plasmídicas tenían en promedio 2909,4 pb de longitud con un contenido de GC del 59,4%.Este análisis permitió identificar secuencias potencialmente plasmídicas para los dos géneros de Actinobacteria estudiados, lo cual sienta un precedente con datos relevantes que podrán ser validados en posteriores estudios.