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Las aves migratorias pueden actuar como vectores de diferentes microorganismos, algunos de los cuales pueden ser patógenos para el hombre. Se ha postulado el papel de los flamencos como dispersores de microorganismos resistentes a antibióticos. Es por ello que este trabajo propone el estudio de la microbiota intestinal de éstos vertebrados y evalúa la resistencia de las bacterias aisladas a diferentes antimicrobianos. A partir de heces de flamencos que habitan Lagunas de las Pampas (33°42?-34°18?S; 61°25?-62°32?O) se realizó el aislamiento de bacterias mediante siembra en medio R2A y suplementado con ampicilina (Amp, 100 µg ml-1), cloranfenicol (Cm, 170 µg ml-1), eritromicina (Ery, 50 µg ml-1) y tetraciclina (Tet, 50 µg ml-1). Las placas fueron incubadas a 20°C durante 2 a 5 días. Los diferentes morfotipos fueron sub-cultivados y preservados en glicerol 20% a -70°C. De cada uno de los aislamientos se realizó la extracción de ADN total mediante la técnica de CTAB para luego ser agrupados mediante perfiles de RAPD. La identificación de los mismos se realizó mediante la secuenciación de los productos de amplificación del gen ARNr16S. En Laguna Bella Vista se obtuvo un recuento 1.9×103 UFC g-1 en heces de flamenco. El 43% de los aislamientos presentaron resistencia a Amp, el 17% a Tet y el 5% a Cm y Ery. En La Badenia, 2.2×103 UFC g-1 fueron obtenidas con 78% de resistencia a Tet, 55% a Cm, 14% a Ery y 5% a Amp. Se seleccionaron 68 aislamientos en base a la morfología de la colonia y, según los diferentes perfiles de RAPD, fueron identificados molecularmente. El presente estudio contribuye a dilucidar el papel que cumplen los flamencos como reservorios, vectores y/o dispersores de bacterias resistentes a antibióticos y potencialmente patógenas.