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El estudio de la diversidad genética es necesario para la conservación, domesticación y mejora genética de una especie. El subgénero Anachyris de Paspalum está compuesto por Paspalum simplex Morong, P. procurrens Quarin, P. malacophyllum Trin., P. usterii Hack., P. volcanensis Zuloaga, Morrone y Denham y P. costellatum Swallen. Las cinco primeras especies son perennes y la última es anual y endémica del nordeste de Brasil. Poseen en común la ausencia de glumas y una nervadura longitudinal prominente en sus espiguillas, pero difieren en su morfología, distribución geográfica, ambientes ecológicos y niveles de ploidía. El objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad genética existente en las especies perennes del subgénero Anachyris de Paspalum, a partir del uso de huellas de ADN (DNA fingerprints). Se evaluaron en total 31 accesiones, de las cuales 12 pertenecen a P. simplex, 11 a P. malacophyllum, 4 a P. procurrens, 2 a P. usterii y 2 a P. volcanensis. Las huellas de ADN fueron generadas con marcadores moleculares de ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat). Un total de 15 primers de ISSR fueron evaluados. Los patrones de amplificación fueron generados por PCR, separados en geles de agarosa al 2 %, teñidos con bromuro de etidio, y visualizados en un transiluminador de luz ultravioleta. La diversidad genética fue estimada a partir del uso del programa InfoGen. La distancia genética fue obtenida a partir del coeficiente de similitud de Jaccards y luego se construyó un fenograma mediante el algoritmo matemático UPGMA. Un total de 291 loci fueron evaluados. El 99,3 % de los loci fueron polimórficos entre todas las accesiones evaluadas. La distancia genética observada para todas las accesiones mostró un rango de variación entre 0,71 y 0,96. Las accesiones se agruparon en 5 clusters o grupos: 1) incluye a todas las accesiones de P. simplex más los tetraploides de P. malacophyllum, 2) incluye sólo a las accesiones diploides de P. malacophyllum; 3) formado por todas las accesiones de P. procurrens; 4) incluye a las accesiones de P. usterii y 5) formado por las accesiones de P. volcanensis. La distancia genética entre las especies mostró un rango de variación de 0,84 a 0,96. Paspalum simplex se mostró genéticamente más cercana a P. malacophyllum y P. procurrens; mientras que P. usterii y P. volcanensis se agruparon juntas y muy distantes de las tres primeras especies. Estos resultados coinciden con estudios citogenéticos que demostraron que P. simplex, P. procurrens, y P. malacophyllum tienen genomios homólogos. Paspalum malacophyllum fue la especie que mostró mayor diversidad genética (0,22), seguida por P. simplex (0,18), P. procurrens (0,16), P. usterii (0,10) y P. volcanensis (0,07). Si bien los datos no son comparables, debido a que no se evaluó el mismo número de poblaciones y accesiones por especie, es un valor representativo de la variabilidad observada a nivel fenotípico.