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La Selva Paranaense alberga gran diversidad de briofitas y líquenes, en los cuales protistas encuentran condiciones de humedad óptimas para desarrollarse. Los ciliados habitan intersticios entre partículas que componen la delgada fracción de materia orgánica y detrito sobre la que crecen musgos y líquenes. Se realizaron muestreos en Sendero Macuco (SM) y Circuito Inferior (CI) en octubre-2017 y julio-2018. Los períodos registraron variables ambientales contrastantes: octubre-2017 muy húmedo y temperatura ambiente de 27-30 ºC, mientras que julio-2018 fue muy seco y con temperaturas de 16-26 ºC. Se obtuvieron muestras en árboles, rocas y suelo, a lo largo de transectas en ambos senderos. En laboratorio, la riqueza específica se estimó mediante resuspensión del material según el método non-flooded Petri dish, observaciones en vivo al microscopio e impregnaciones argénticas. Se registraron 57 especies. En SM (37) hubo más especies que en CI (28). La composición fue diferente entre senderos (JACCARD= 0,14) y en cada sendero entre períodos analizados (JACCARD SM= 0,16; JACCARD CI= 0,29). Las muestras de líquenes presentaron composición similar en ambos períodos, (3-4 especies) y menor que las de briofitas (2-11 especies), que podría vincularse a mayor retención hídrica de éstas últimas. Según un análisis de PCA, en primavera las muestras frente al Salto Bossetti, saturadas de agua por el spray del salto y las del SM próximas al arroyo que atraviesa el camino, presentaron composición similar. En invierno, los saltos tenían muy poca agua, al igual que el arroyo, y las muestras se agruparon con aquellas que crecen sobre roca y alejadas de cuerpos de agua. Por otra parte, en CI las muestras sobre corteza de árboles se diferenciaron del resto. Se puede concluir que el tipo de sustrato sobre el que crecen briofitas y líquenes y la cercanía a cuerpos de agua fueron determinantes de la composición específica de ciliados.