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La tecnología de cultivares de algodón genéticamente modificados (OGM) ha sido ampliamente adoptada en Argentina. Este trabajo se realizó en INTA EEA Reconquista, Santa Fe, durante tres años (A1, A2 y A3), desde 2010. Se analizó y comparó la abundancia (Ab), riqueza (S) y diversidad (H) del ensamble de artrópodos y de grupos funcionales, fitófagos (F) y entomófagos (E) en cultivos de algodón OGM. Las variedades utilizadas fueron: G2000 (RR) resistente a glifosato y NuOpal (BR) a lepidópteros más glifosato en un diseño de bloques completos al azar, con cinco replicaciones. S no mostró diferencias estadísticas entre eventos (SBR=95, 82 y 76 vs. SRR= 94, 79 y 75), mientras que Ab de RR fue estadísticamente menor en A1 y mayor que BR en A2 y A3 (AbBR=8162, 3827 y 3331 vs. AbRR= 6626, 5463 y 4054; p< 0,05). H se diferenció significativamente los tres años (HBR=1,86; 2,9 y 2,37 vs. HRR=2,25, 2,5 y 2,41; p< 0,05). Se registraron cambios temporales en F y E, en ambos eventos y años. Hubo Significativamente mayor riqueza de E en RR, los tres años, respecto a F, pero no hubo diferencias en BR. La abundancia de entomófagos fue mayor respecto a los fitófagos, excepto en BR (A1), explicado por un pico poblacional de pulgones. RR presentó mayor H de fitófagos explicado principalmente por los lepidópteros. Ambos eventos comparten más del 66% de las especies presentes en A1, acrecentándose progresivamente (68% y 74% respectivamente) según el índice de similitud de Jaccard. Las variaciones del ensamble de artrópodos observada a lo largo del tiempo, responden a los cambios fenológicos del cultivo, como a las condiciones ambientales propias del área estudiada. Los cultivos de algodón OGM favorecen a la diversidad faunística y son propicios para ser implementados dentro de un proyecto de Manejo Integrado de Plagas (MIP).