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El sector del noroeste de la Cuenca del Río Salado es un sistema compuesto por canales y lagunas. Entre estos, en el Canal de Vinculación (CV) se realizaron tareas de redireccionamiento del flujo en el contexto del Plan Maestro de la Cuenca del Río Salado. Bajo la hipótesis de que la movilización de sedimentos debido a la ejecución de obras hidráulicas genera perturbaciones que afectan al fitobenton, se analizaron su biomasa y composición en dos sitios (CV1 y CV2) durante dos etapas en la realización de dichas obras (septiembre 2009-marzo 2010). En el Sector se midieron variables físicas y químicas del agua y se colectaron muestras de sedimento mediante minicorers para la identificación y cuantificación de las algas, análisis de clorofila a, fósforo total y materia orgánica. Asimismo, para evaluar el efecto de las perturbaciones se compararon los resultados cuali-cuantitativos del fitobenton de CV con los de un análisis estacional previo de la cuenca en el que se categorizaron las especies utilizando el test de Olmstead-Tukey (en dominantes, comunes, ocasionales y raras). En CV durante las obras se registraron alta conductividad y elevada turbidez (627 NTU). En ese período, en el bentos se encontraron diferencias significativas entre CV1 y el resto del sector. En septiembre, durante la mayor actividad de obras, se encontró la menor biomasa y riqueza del epipelon en CV1, mientras que en CV2 predominaron especies catalogadas como ocasionales y raras para la cuenca, con dominancia de Navicula trivialis y abundancia de Pseudostaurosira subsalina y Amphora copulata. En marzo, en ambos sitios se registraron mayor biomasa y riqueza (39 especies), incluyendo algunas de las especies catalogadas como dominantes en la cuenca. Se destaca la utilidad de contar con datos de categorización de especies a nivel cuenca en el análisis de los efectos de perturbaciones sobre las comunidades.