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Stephanodiscus sp. (Bacillariophyceas) es una diatomea común en diversos sistemas acuáticos de Europa y Norteamérica, aunque escaso en Sudamérica y particularmente en Argentina. Según la bibliografía es un género dominante de aguas ricas en nutrientes y altas temperaturas. El objetivo de este trabajo es dar a conocer registros de densidad de Stephanodiscus sp. en ecosistemas acuáticos continentales de la Provincia de Santa Fe, y vincularlos con algunos parámetros fisicoquímicos y concentraciones de metales pesados y plaguicidas medidos in situ y en laboratorio. Se realizaron muestreos mensuales durante un año en cuatro sitios (S1, S2, S3 y S4) correspondientes a arroyos que atraviesan zonas agrícolas-ganaderas e industriales de la Provincia de Santa Fe. Se midieron las siguientes variables: velocidad de la corriente, profundidad, pH, Tº, OD, transparencia, conductividad, DBO, DQO, Carbono orgánico e inorgánico, sólidos suspendidos, NO3, metales pesados (Cr, Cu, Pb y As) y Plaguicidas (Atrazina y Endosulfan). La densidad de organismos mostró marcadas diferencias entre sitios de muestreo. En orden decreciente, el promedio anual fue: S2 (32341,8 Ind. l-1) > S3 (6971,6 Ind. l-1) > S1 (54,2 Ind. l-1) > S4 (25,6 Ind. l-1). En los meses de enero y abril se registraron floraciones algales, con valores máximos de: 189.290 Ind. l-1 y 41.548 Ind. l-1 en S2 y S3, respectivamente. Se encontraron diferencias significativas entre los sitios 2 y 3 con respecto a 1 y 4 (ANOVA p < 0,05); los primeros se caracterizaron por ser los menos profundos, con mayor conductividad y velocidad de la corriente. Se discuten los cambios espaciales y temporales de densidad registrados a lo largo del año, teniendo en cuenta los parámetros físicosquímicos y las concentraciones de contaminantes medidos en cada uno de los ambientes estudiados.