Efecto de la solución fisiológica e la conformción de proteínas. Modelizacion por dinámica molecular del Glucagon like peptide-1,

M.C: DONNAMARIA; S.N. MONACHESI; R J DE XAMMAR ORO; J.R: GRIGERA

UNLP, Fac de Medicina, La Plata, Bs As

Conferencia; XXXVII Reunion Anual de la Sociedad Argentina de Biofísica, SAB 2008,; 2008

Sociedad Argebntina de Biofisica

6-TMBS   Efecto  de la solución fisiológica en la conformación de proteínas. Modelizacion por dinámica molecular del Glucagon like peptide -1.   M.C. Donnamaria , S.N. Monachesi, J.R de Xammar Oro yc J.R.Grigera IFLYSIB, (CIC, CONICET, UNLP), C.C.565,1900 La Plata, Argentina, donna@iflysib.unlp.edu.ar   El glucagon-like peptide-1, (GLP-1,), es una pequeña  hormona neuroendocrina de 30 aminoácidos, que actualmente es investigada como potencial agente terapéutico para los tratamientos de diabetes y obesidad debido a sus propiedades glucorregulatorias.  En este trabajo se analizan sus propiedades estructurales y dinámicas tanto en agua como en solución fisiológica,  a fin de determinar el efecto del solvente sobre la conformación. Se utiliza Dinámica Molecular  (DM) como herramienta de modelización, en particular el paquete Gromacs 3.3.3. La solución fisiológica se simula con dos técnicas,  i) agua pura con campo de reacción y apantallamiento eléctrico, K= 0,8, (inversa de la longitud de Debye),ii) con dinámica de contrapones (CL-, Na+ ). Se utiliza el modelo SPC/E tanto para modelizar el agua pura, como el agua con efecto de apantallamiento (aproximación i)). Como configuración inicial del GLP-1 se usa la estructura 1D0R del Protein Data Bank. La flexibilidad se estima mediante los datos de desviación cuadrática media (Root Mean Square Deviation –RMSD de las distancias de los C-α comparados con la conformación original experimental, También se estudia el comportamiento de la proteína a partir de los datos de RMSD en función del tiempo. Un exhaustivo análisis de las estructuras secundarias nos permite observar el predominio de estructura alfa hélice. Con el objeto de corroborar las conclusiones halladas a partir de los datos de RMSD y a partir de la estructura secundaria (program  do_dssp) se visualiza la proteína a través de su conformación promedio .Se observa que  los datos de la DM de contraiones se apartan ostensiblemente de los datos respectivos de la DM de agua pura y de la DM de solución fisiológica modelizada con campo de apantallamiento, por lo menos para largos períodos de simulación. Los cambios resultan manifiestos a partir de los 5 ns, lo que explica que no se hayan observado en previas simulaciones de menor tiempo. MCD  es Investigadora de la Comisión de Investigaciones Científicas de la Provincia de Bs As-CICPBA, SNM es Doctorando de FCE-UNLP, JRX y JRG son investigadores del CONICET . Los autores agradecen apoyo de CONICET,CIC y UNLP.