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La calidad industrial de las harinas de trigo se encuentra en relación directa con la cantidad y tipo de proteínas que constituyen el gluten en los granos [1]. Si bien, la constitución proteica del gluten está determinada genéticamente, la misma se ve afectada por diversos factores ambientales, como ser la infección de la planta por hongos patógenos. Una de las enfermedades a nivel mundial que produce las mayores pérdidas económicas de los cultivos es la Fusariosis del Trigo, causada principalmente por Fusarium graminearum. La cromatografía líquida de alta precisión, resulta una técnica sensible y confiable en la determinación de los cambios proteicos de las fracciones del gluten en granos infectados, permitiendo la discriminación entre las harinas. Dos cultivares diversos de trigo (Programa de Mejoramiento de Trigo del INTA Marcos Juárez) fueron inoculados en forma independiente con tres cepas de variable agresividad de F. graminearum. Se determinaron en los granos cosechados parámetros de agresividad y rendimiento: Indice ISK y Peso de Mil Granos, respectivamente. Se obtuvieron por molienda las harinas, y posteriormente se realizó una extracción proteica diferencial con el método de Osborne modificado. Las lecturas correspondientes a las fracciones de gluteninas y gliadinas se realizaron con espectofotómetro-UV [2]. La fracción correspondiente a las gluteninas se sembró en un HPLC de fase reversa con detector UV [3]. La relación entre gluteninas y gliadinas se correlacionó linealmente con el índice ISK para el genotipo de trigo Buck Sy 200, mientras que el genotipo Klein Tigre mostró un comportamiento errático, con valores menores al anterior. Los cambios proteicos observados en los perfiles cromatográficos entre ensayos, estuvieron en relación con el grado de agresividad de la cepa y el genotipo de trigo, especialmente en la fracción de gluteninas de alto peso molecular (HMW-GS).