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La capa-S es un arreglo cristalino bidimensional de subunidades (glico)proteicas que representa la estructura superficial más externa de numerosas especies de bacterias. Las subunidades están ligadas entre ellas y a la superficie celular subyacente mediante uniones no covalentes, por lo que pueden ser desagregadas mediante la utilización de diferentes agentes caotrópicos o desnaturalizantes (urea, LiCl, cloruro de guanidinio, entre otros). Se han propuesto diversas funciones para las capas-S, aunque no se ha encontrado una función general para todas ellas. Entre las bacterias lácticas, su presencia ha sido demostrada en numerosas especies de lactobacilos potencialmente probióticos, entre las que se encuentran L. kefir, L. parakefir y L. brevis. Algunas propiedades probióticas de estas bacterias, tales como la adhesión, la agregación y la inhibición de la actividad de diferentes patógenos intestinales, se han asociado a la presencia de tipos particulares de proteínas de capa-S. Sin embargo se ha observado que las funciones de la capa-S son no sólo especie- sino también cepa-específicas. Esto sugiere que para predecir una determinada propiedad probiótica en lactobacilos que poseen capa-S se requiere establecer una correlación entre las propiedades de las bacterias y las características estructurales de sus proteínas de capa-S. La espectroscopía infrarroja por transformada de Fourier (FTIR) se ha utilizado extensivamente para la elucidación y análisis de la estructura de proteínas en una amplia variedad de entornos diferentes, ya sea en estado sólido, en solución o sobre diferentes superficies. El análisis de la forma y la posición de las bandas en la región de amida I del espectro, así como de la posición y áreas relativas de sus bandas componentes obtenidas luego de la deconvolución, permite estimar cuantitativamente la contribución relativa de los diferentes componentes de estructura secundaria de las proteínas (a-hélices, hojas-b paralelas y antiparalelas y estructuras sin orden). En esta presentación se repasarán algunos de los aspectos más importantes de la utilización de la espectroscopía FTIR en el análisis de proteínas, así como la metodología empleada para analizar la estructura secundaria de las proteínas de capa-S de lactobacilos y los cambios estructurales que éstas sufren como consecuencia de los tratamientos térmicos y de su interacción con diferentes sustancias.