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En Argentina los informes sobre la presencia de cianotoxinas en los cuerpos de agua son escasos. Existen reportes esporádicos o únicos y pocos datos históricos disponibles restringidos a algunos ríos y embalses específicos. El centro y noreste del país fueron las áreas donde se informaron el mayor número de eventos tóxicos. Las Microcistinas (MC) fueron las toxinas que se encontraron con mayor frecuencia. Se detectaron en el Dique San Roque (Córdoba) con niveles hasta 119,0 μgL-1. En Salto Grande en niveles de 48,6 μgL-1. En el Río de la Plata se detectó MC-LR en niveles máximos 8.6 μgL−1 en florecimientos de M. aeruginosa. En la localidad de Paso de los Libres, Corriente, se detectó MC en cultivos aislados con elevadas concentraciones de C. raciborskii, En la mayoría de los casos, los valores de MC informados exceden el límite seguro sugerido por la OMS para el agua potable (1 μg L-1) y exposición recreativa (20 μg L-1) lo que representa un riesgo para ambos actividades turísticas y pesca deportiva. Saxitoxinas cianobacterianas fueron detectadas en el río Salado, Provincia del Chaco (Argentina). Lo anterior describe la necesidad de contar con métodos de remoción de estas toxinas en ambientes y en plantas potabilizadoras. El tratamiento convencional de potabilización de aguas (coagulación, floculación, clarificación y filtración) presenta una eficacia limitada para la eliminación de cianotoxinas extracelulares, por lo que se requieren procesos adicionales, tales como la adsorción, oxidación química, la biodegradación, la ósmosis inversa o la nanofiltración para eliminar toxinas extracelulares. Resulta importante remover las células intactas, evitando su rotura y la consecuentemente liberación de toxinas. La falta de eficiencia en la remoción de cianotoxinas en las etapas de tratamiento convencional ha hecho necesaria la aplicación de otros tratamientos disponibles. Se presentan y discuten críticamente algunos de estos tratamientos.