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Cyanobacterias frecuentemente forman densos florecimientos en cuerpos de agua dulce en todo el mundo. Algunos géneros, como Microcystis spp., pueden sintetizar metabolitos tóxicos denominados microcystinas (MCs). Las MCs son péptidos cíclicos hepatótoxicos que representan un serio problema para la salud human, animal y ambiental. En este trabajo presentamos la identificación, caracterización toxicológica y filogenética de la primera cepa de Microcystis aeruginosa argentina (CAAT2005) aislada del ambiente y mantenida en condiciones de laboratorio. La caracterización morfológica muestra la tipica arquitectura colonial de Microcystis aeruginos. Adicionalmente análisis filogenético sobre la base de la secuencia cpcBA-IGS confirman la identidad dado su agrupamiento con secuencias conocidas de cepas de M. aeruginosa. La cepa CAAT2005 expresa una variante de Microcistina, frecuente en muestras de la cuenca del Plata y del Salado que presenta un ion molecular de [M+H]+= 1037.8 m/z y que fue identificada por LC- HRMS/Orbitrap como [D-Leu 1] microcystin-LR. Esta es la primera cepa de cianobacterias toxígenas puesta en condiciones de crecimiento controladas. Esta a disposición de laboratorios nacionales e internacional a fin de su estudio y comparación con cepas del resto del mundo, asi como para desarrollos tecnológicos y la producción de estándares analíticos que se correspondan con las variantes de toxinas que se presentan en nuestra región.