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En el desarrollo de un método para la separación y análisis de sustancias ionizables por cromatografía líquida en fase inversa (RP-HPLC) la primera elección ha realizar es la columna a emplear, tipo y contenido de modificador orgánico en fase móvil, y condiciones adecuadas de pH y tipo de sustancia tampón. La temperatura de la columna es una variable que queda soslayada, aún cuando en el caso de solutos ionizables se convierte en una variable de fuerte influencia sobre la selectividad de la separación. El comportamiento con la temperatura de los factores de retención de analitos cuyos valores de pKa se encuentren próximos al valor de pH de la fase móvil puede ser notablemente diferente al del resto de las sustancias analizadas, lográndose cambios en la selectividad que llegan a alterar el orden de elución de los picos cromatográficos. En este trabajo presentamos un modelo general, basado en argumentos puramente termodinámicos, para predecir el cambio en los factores de retención como función simultánea del pH y la temperatura. Conociendo las propiedades ácido-base de analito y tampón cuatro análisis cromatográficos independientes son suficientes para proveer la información que requiere el modelo: a dos temperaturas y a dos valores de pH extremos. El nivel de ajuste de la predicción teórica a los factores de retención experimentales se demuestra analizando algunas sustancias de interés farmacológico: profenos, b-bloqueantes y alcaloides. Se observa un alejamiento del comportamiento que predice el modelo solamente cuando se analizan aminoalcoles en fases móviles que utilizan tris como sustancia tampón. Es posible que ésta sustancia establezca un tercer equilibrio y que éste afecte al mecanismo de retención hidrofóbico