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La región no recombinante del cromosoma Y ha sido exitosamente utilizada para reconocer la estructura genética de los linajes paternos de poblaciones humanas. Este trabajo se integra al proyecto multidisciplinario ?De las historias étnicas a la prehistoria en el Gran Chaco?, involucra el estudio de individuos de diversa filiación étnica y se propone reconocer estructuración en la fracción nativa de los linajes paternos que dé cuenta de la dinámica poblacional y de patrones de distribución, que aporten elementos clarificadores de la compleja configuración de las poblaciones chaqueñas. En los 118 individuos analizados se identificaron 82 linajes, de los cuales 22 % estuvieron presentes en más de un individuo dentro de una población o entre poblaciones, en ocasiones distantes geográficamente. El coeficiente de diferenciación entre poblaciones fue el mayor encontrado (21 %) en linajes autóctonos de poblaciones de Argentina (3 %). La red de haplotipos demuestra que los linajes presentan una subestructuración en 3 ramas principales, en cada una de las mismas participan linajes de distintos grupos, reflejando la ausencia de aislamiento entre los mismos y planteando interesantes interrogantes a la luz de los datos arqueológicos y etnolingüísticos.