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El objetivo de este trabajo fue analizar la variación de la biomasa microfitobentónica estimada por contenido de clorofila y feopigmentos en relación a la riqueza específica (RE) de diatomeas y cianobacterias y la granulometría del sedimento de marismas del estuario de Bahía Blanca. Se muestrearon mensualmente el sedimento de dos tipos de marismas: PG epipsámica con Spartina alterniflora-Chasmagnathus granulatus y AB epipélica con Sarcocornia perenni- Chasmagnathus granulatus donde se desarrollan comunidades microfitobentónicas. Se identificaron 70 taxa, 15 cianobacterias y 55 diatomeas. En ambas marismas se registró mayor riqueza específica (RE) en otoño, mientras que los pigmentos mostraron sus mayores concentraciones en las zonas vegetadas siendo superiores aun más en invierno. Mediante análisis de componentes principales se caracterizó ambas marismas y las que se diferenciaron principalmente por la mayor concentración de clorofila y sedimento de grano grueso en PG, al que se contrapuso la fracción fina que caracterizó a AB. La mayor concentración de pigmentos se correlacionó positivamente con zonas vegetadas de ambas marismas. En PG esto se dio tanto en otoño como en invierno, mientras que en AB se registró en invierno, especialmente por la alta RE de cianobacterias. En invierno la fracción fina de sedimento presente en los otros sitios de AB se encontró correlacionada con la RE de diatomeas. Hubo alta correlación entre riqueza de diatomeas y el grano fino del sedimento en zonas de las transectas sin plantas. Las cianobacterias se hallaron sólo en puntos vegetados de las transectas, tanto por presencia de Sarcocornia perennis como de Spartina alterniflora.