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Las lagunas someras pueden tener gran extensión areal, pero la mayoría de ellas tienen profundidades tan baja que dificulta la utilización de ecosondas estándar y botes. Además, sus límites suelen ser difusos debido a la presencia de micrófitos y humedales que las rodean. La región pampeana Argentina está cubierta por un gran número de lagunas someras que están poco estudiadas desde el punto de vista geomorfológico. Por lo tanto, el objetivo de este artículo es presentar una nueva metodología para el análisis geomorfológico, siendo este un elemento básico de los estudios limnológicos. El desarrollo de la metodología se llevo a cabo en la laguna somera La Salada (Buenos Aires, Argentina), que integra uno de los sitios de monitoreo de los proyectos Pampa2 y SAFER. La metodología empleada combina el uso de un perfil acústico de código abierto, montado sobre un pequeño bote autónomo, y fotografías aéreas de alta resolución empleando un hexacoptero no tripulado. El primero permite obtener i) un perfil acústico del fondo del lago y ii) una batimetría georeferenciada en tiempo real. El hexacoptero completamente autónomo puede mapear la costa y humedales. Resultando mapas 3D que pueden ser integrados en conjunto con la información sedimentológica colectadas por sacatestigos (para sedimentos de fondo) y una modificación de un muestreador tipo Phleger para las facies subsuperficiales. El equipamiento desarrollado ha demostrado ventajas sobre métodos batimétricos tradicionales tanto por los bajos costos como por la integración de la información física con el geoposicionamiento.