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Los compuestos orgánicos persistentes (COPs) se caracterizan por su carácter permanente y por su toxicidad sobre los ambientes marinos, encontrándose un incremento marcado de dichos compuestos durante las últimas décadas en todo el mundo. Debido a sus características lipofílicas tienden a acumularse en los tejidos grasos de muchos organismos acuáticos, produciendo entre otros efectos, alteraciones inmunológicas, en la reproducción, teratogénesis, disrupciones hormonales. El estuario de Bahía Blanca se encuentra bajo una importante presión antrópica. En él se ubican varios puertos nacionales (Pto. Ing.White, Pto. Galván y Pto. Rosales), ciudades (Bahía Blanca, Punta Alta, Gral. Cerri, etc.), la mayor base naval del país y uno de los complejos industriales más grandes de Sudamérica (petróleo, refinerías, gas de petróleo, fertilizantes, complejos cerealeros, industrias químicas). Este trabajo recopila información sobre los niveles de diversos COPs (Hidrocarburos Aromáticos Policíclicos, Compuestos Organoclorados, Compuestos Orgánicos de Estaño y Bifenilos Policlorados) hallados en muestras obtenidas en diferentes sitios del estuario (sedimentos, mejillones, peces) y a partir de las cuales el área ha sido calificada como una zona costera antropizada, con niveles de COPs de bajos a moderados y zonas puntuales que evidencian altos niveles. Del análisis se desprende que para el área de estudio existe un hueco en el conocimiento del flujo de COPs hacia la biota y su biodisponibilidad real; se dispone de prácticamente nula información en cuanto a biomonitoreo, selección de biomarcadores, ingreso de COPs al bentos, existencia de fenómenos de bioacumulación y biomagnificación en la cadena trófica. En consecuencia, este trabajo plantea diversas hipótesis para ser puestas a prueba así como los medios necesarios para abordarlas, incluyendo la aplicación de un sistema de biomonitoreo de especies nativas como complemento de los análisis químicos.