IMEX   05356
INSTITUTO DE MEDICINA EXPERIMENTAL
Unidad Ejecutora - UE
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- Adquisición de imágenes por microscopía de fluorescencia confocal de muestras fijadas y series temporales ("time lapse") de células vivas. (ST 2400)[+]Detalle STANSe pueden obtener imágenes confocales en planos simples y múltiples, aplicables en estudios morfológicos, de colocalización, FRET y reconstrucciones 3D. También se cuenta con un sistema de mantenimiento de células vivas, que posibilitan estudios dinámicos en células, como transporte intracelular, FRET, FRAP, FLIP, motilidad y migración celular, netosis, etc. En ambos casos se pueden tomar imágenes por contraste de interferencia (DIC) simultáneamente con la fluorescencia.MetodologíaEl material de estudio, ya sea fijado o sean células vivas, es observado en un microscopio confocal Olympus modelo FV1000 pudiendo optarse por objetivos de aire (4X/0.16 UPlan SApo y 20X/0.75 UPlanSApo), de inmersión en aceite (60X/1.42 PlanApo N) e inmersión en agua (60X/1.2 UPlanSApo). Se cuenta con filtros y espejos dicroicos óptimos para estudios de colocalización y FRET (por método de "sensitized emission"). Cuenta con un sistema de iluminación LASER LD 405nm, LASER LD 488 nm, He/Ne 543 nm, LD 635nm. Estas líneas LASER permiten la visualización de una amplia variedad de fluróforos y sondas tales como DAPI, Hoechst, ioduro de propidio, FITC, rodamina, mitotracker, lisotracker, Alexa (-405 -488 -546 -555 -633 -647), y proteínas fluorescentes como GFP, YFP, CFP, DsRed, Cherry, etc. Con los objetivos de 20X y 60X también se pueden capturar imágenes por contraste diferencial (DIC). Los estudios de time lapse en células vivas se realizan en un incubador termostatizado MIU-IBC-I/IF con calentador de objetivo y control de flujo de gas mezcla Hemo3 (5% CO2 + 20% O2).Equipamientoconfocal con sistema de detección por filtros Olympus FV1000Disciplina PrimariaCiencias MédicasDisciplina DesagregadaMEDICINA-HEMATOLOGIACampo de AplicaciónEnfermedades no endemicasActividad IndustrialInvestigación y desarrollo experimental en el campo de las ciencias médicasPalabras ClaveMicroscopía
Fluorescencia
Cultivos celulares
Time lapse
- Procesamiento y análisis de imágenes obtenidas por microscopía confocal. (ST 2398)[+]Detalle STANSe ofrece un servicio de procesamiento de imágenes de microscopía que incluye procesamientos básicos lineales, reconstrucciones tridimensionales, armado de animaciones, etc. Asimismo se aplican herramientas de análisis de imágenes para obtener información cuantitativa. Entre otros métodos se realizan mediciones de perfil de intensidad, morfometría, análisis de colocalización, FRET, FRAP, FLIP, parámetros dinámicos de procesos celulares (netosis, dinamismo de organelas), y de motilidad celular.MetodologíaPara el procesamiento y análisis de imágenes se cuenta con el software de Olympus FV-ASW que permite, entre otras aplicaciones, hacer reconstrucciones 3D regulando rotación, intensidad, transparencia, y reconstrucciones 4D poniendo como variable al tiempo. Este mismo programa también posee módulos de cuantificación de colocalización, medidas de estudios morfométrico (intensidades, distancias, áreas), medición de FRET, FRAP, etc. Por último, se posee amplia experiencia en el manejo de software de acceso libre (imageJ, Fiji) para el análisis cuantitativo de imágenes y series temporales.Disciplina PrimariaCiencias MédicasDisciplina DesagregadaMEDICINA-HEMATOLOGIACampo de AplicaciónEnfermedades no endemicasActividad IndustrialInvestigación y desarrollo experimental en el campo de las ciencias médicasPalabras ClaveMicroscopía
Fluorescencia
Colocalización
FRET
reconstrucciones 3D
- Servicio de preparación de muestras para observación por microscopía confocal de fluorescencia y time lapse.(ST 2399)[+]Detalle STANEl servicio consiste en la preparación de muestras biológicas para su posterior observación por microscopía confocal. Partiendo de cultivos celulares fijados o de cortes histológicos, se realizan marcaciones por inmunofluorescencia y/o aplicación de sondas. Para estudios en células vivas se realizan marcaciones con sondas vitales y se preparan los medios de cultivo optimizados para la observación en ensayos de "time lapse".MetodologíaSe reciben las muestras fijadas de células en cultivo o cortes histológicos, junto con los anticuerpos primarios. Se realizan las marcaciones fluorescentes de las muestras recibidas y el montaje en medios adecuados para microscopía confocal. Para esta técnica se utilizan anticuerpos secundarios para la marcación multicanal (conjugados a fluoróforos como, Alexa -405, -488, -555 o -647) y/o sondas fluorescentes de uso común, ambos pudiendo ser provistos por el usuario. Se disponen de sondas comunes como DAPI, Hoechst, ioduro de propidio y faloidina-TRITC. Para la observación de células vivas, las mismas se deben plaquear en cámaras estériles con base de vidrio para la visualización en microscopios invertidos. En el servicio se provee de estas cámaras. Una vez recibidas las células, se mantienen durante la observación en medios especiales de cultivo sin rojo fenol.Disciplina PrimariaCiencias MédicasDisciplina DesagregadaMEDICINA-HEMATOLOGIACampo de AplicaciónEnfermedades no endemicasActividad IndustrialInvestigación y desarrollo experimental en el campo de las ciencias médicasPalabras ClaveMicroscopía
Fluorescencia
Anticuerpos
Sondas
- Provisión de ratones endocriados de diferentes cepas. Alojamiento de ratones bajo Barreras Sanitarias.
(ST 2724)[+]Detalle STANProvisión de ratones de las cepas Balb/c y C57BL/6 endocriados bajo Altas Barreras Sanitarias (SPF) y Barreras Sanitarias Estándar (Convencionales). Alojamiento de ratones bajo Barreras Sanitarias Estándar (Convencionales) y bajo Nivel de Bioseguridad 2 (NB2). El alojamiento es un tipo de hospedaje para ratones donde se brinda la posibilidad de mantener las distintas líneas de trabajo experimentales.MetodologíaLos animales son criados y mantenidos bajo estrictas barreras sanitarias, manejados por personal altamente capacitado, alojados en salas independientes perfectamente acondicionadas, con control de temperatura, humedad y renovación de aire. Dichos animales son sometidos a estrictos controles sanitarios, monitoreados por técnicas de biología molecular (PCR) realizadas en el exterior (PRIA). El bioterio del IMEX-ANM cuenta, además, con un laboratorio para trabajar con animales infectados con agentes biológicos del Grupo de Riesgo 2. Dicho laboratorio cuenta con todos los Elementos de Protección Personal y Colectiva cumpliendo con reglamentaciones nacionales e internacionales de bioseguridad y seguridad e higiene.Disciplina PrimariaVeterinariaDisciplina DesagregadaVETERINARIA Y ESP. PECUARIAS-OTRASCampo de AplicaciónProduccion animal-OtrosActividad IndustrialInvestigación y desarrollo experimental en el campo de las ciencias médicasPalabras ClaveRatones
Animales de laboratorio
Bioterio
Alojamiento, Housing
Bioterio Nivel Bioseguridad 2
- Análisis bioinformáticos de datos provenientes de secuenciación masiva paralela o secuenciación de nueva generación (NGS). (ST 5712)[+]Detalle STANEl servicio utiliza datos provenientes de NGS de genomas, exomas, paneles de genes, arrays y RNA-seq. El servicio incluye el análisis de calidad y filtrado de lecturas crudas, ensamblado, alineamientos con genomas de referencia, llamado, filtrado y anotación de variantes (SNPs + indels y copy number variations), caracterización de variantes estructurales, y análisis de expresión diferencial. dirigida a investigadores y empresas privadas.MetodologíaEl análisis de calidad y el filtrado de lecturas crudas se realizan utilizando las herramientas FASTQC/ FASTX-TOOLKIT y Trimmomatic. Los alineamientos se realizan con los programas bwa-mem, BowTie2 o TopHat2, y el ensamblado se obtiene a través de las herramientas AbySS, SPAdes, Flye o Unicycler. El llamado y filltrado de variantes (SNP + indels) se realiza con el Kit de Herramientas de Análisis de Genomas (GATK) de acuerdo a las buenas prácticas recomendadas por el Broad Instiute. Las variantes son anotadas con SnpEFF y SnpSIFT, utilizando bases de datos GNOMAD, ExAC, ClinVar u otras de acuerdo a las necesidades del cliente. Las copy number variations se determinan usando la herramienta Canvas y para la caracterización de las SV se utilizan Lumpy SvABA o Manta. Para el análisis de expresión diferencial se utiliza el paquete EdgeR contenido en R/BioconductoR. El servicio incluye la devolución de un informe en formato pdf detallando los diversos resultados y archivos finales pertinentes. Los clientes deberán suministrar los datos crudos de las lecturas de NGS detallando el tipo de librería o kit de captura y el equipo utilizado para la secuenciación. El plazo para la entrega de resultados tiene un máximo de 5 días hábiles. Todos los datos serán procesados en servidores privados pertenecientes a la Unidad de Bioinformática del Instituto de Medicina Experimental (IMEX-CONICET).EquipamientoComputadora de Alto Rendimiento, 64 GB RAM, Intel i7-8700 Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz | Computadora de Alto Rendimiento, 64 GB RAM, Intel i7-8700 Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHzDisciplina PrimariaInformática y ComunicacionesDisciplina DesagregadaINFORMATICA-OTRASCampo de AplicaciónSalud humanaActividad IndustrialProcesamiento de datosPalabras ClaveBIOINFORMATICA
SECUENCIACIÓN MASIVA PARALELA (NGS)
ANALISIS DE DATOS BIOLOGICOS
GENOMAS, EXOMAS, RNAseq
ANALISIS DE MICROARRAY