Primera experiencia en la utilización de paneles de secuenciacion de nueva generacion NGS en pacientes con patologias mieloides provenientes de un hospital público

BORDONE, JAVIER; ZUBIETA, MARTIN; BELLI, CAROLINA; DOHMER, PABLO; RAHHAL, MARILINA; ALBARENQUE, F

Mendoza

Congreso; XXIV Congreso Argentino de Hematología-, Highlight of Past EHA Latin America; 2019

Sociedad Argentina de Hematología

IntroducciónLa utilización de tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS) para la evaluación de mutaciones en un panel amplio de genes ha generado grandes expectativas como una nueva herramienta en la práctica clínica. Sin embargo, la experiencia local es reducida.ObjetivosIntroducir la tecnología al hospital evaluando un panel de 40 genes en pacientes con patologías mieloides.Materiales y métodosSe realizó un estudio observacional, descriptivo y transversal. Se seleccionaron muestras almacenadas a -70°C de médula ósea de 11 pacientes con patologías mieloide (6 síndromes mielodisplásicos, 3 leucemias mielomonocíticas crónicas, 2 leucemias mieloides agudas), atendidos en el hospital entre ago-17 y dic-18. Se utilizó un kit comercial AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel diseñado para evaluar 40 genes asociados (526 amplicones), 23 en regiones calientes y 17 completos, y un equipo MiniSeq de Illumina. Para la interpretación de los resultados se utilizaron diversos programas y bases de datos online, incluyendo DNA Amplicon de Illumina, Variant Interpreter, Integrative Genome Viewer, Provean, Shift, Polyphen, ClinVar, Cosmic, entre otros, tomando como referencia UCSC hg19 y de acuerdo a las recomendaciones de la Guía de Aplicación Clínica de secuenciación Masiva en SMD y LMMC. ResultadosSe secuenciaron 11 muestras con una profundidad Q30 de un 86,6%, PhiX de 0,78% con una cobertura media de amplicones de 9579,6. Se detectaron 774 variantes totales y, luego del filtrado de las regiones codificantes y de splicing, se analizaron las 212 remanentes. Las variantes encontradas se clasificaron como sinónimas 110, con cambio de sentido 64, cambio del marco 11 y sin sentido 1 (175 SNV y 11 indel) y cercanas al sitio de splicing 26. Al comparar con las bases de datos y de aplicar algoritmos de predicción, 35 resultaron variantes patogénicas o posiblemente patogénicas distribuidas en 10 pacientes con una media de 4 (1-7). La distribución de las variantes patogénicas según la vía afectada fue: 14 en reguladores epigenéticos (TET2, DNMT3A, IDH1/2 y ASXL1), 6 en factores de splicing (SRSF2, U2AF1 y SF3B1), 8 factores de transcripción (RUNX1, WT1 y CEPBA), 3 en cohesinas (STAG2), 3 traducción de señales (N/KRAS) y 1 en reparación del daño (TP53). Al analizar la frecuencia alélica, estas presentaron una media de 35% (7% y 58%), 2 pacientes con mutaciones en RUNX1 mostraron una frecuencia alélica sugerente de origen germinal.ConclusiónEn esta primer experiencia la calidad de los resultados obtenidos fue satisfactoria y se logró identificar mutaciones patogénicas en 10 de 11 pacientes. En 2 individuos se recomendó confirmar el origen de la mutación dada la posible predisposición familiar vinculada a la misma, y en 1 paciente se recomendó la revisión del diagnóstico. La abundante información obtenida requiere de un cuidadoso análisis bioinformático ulterior a fin de brindar resultados relevantes y asequibles al hematólogo tratante.