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La enfermedad celíaca (EC) es una enteropatía autoinmune inflamatoria con predisposición a desarrollar cáncer, el cual se asocia a la adquisición de inestabilidad genómica (IG). Los polimorfismos genéticos pueden modificar la actividad proteica generando la acumulación de lesiones en el ADN, IG y cáncer. El objetivo de este trabajo fue evaluar los polimorfismos en genes implicados en el transporte de carcinógenos (ABCB1/MDR1) y el control del ciclo celular (TP53) en EC a fin de establecer su relación con la IG determinada previamente mediante el estudio de longitud telomérica y microsatélites. Se estudiaron 20 pacientes (14 mujeres/6 varones; edad media: 35,2 años, rango: 21-66 años) y 69 controles sanos con una distribución de edad y sexo comparable a los pacientes. Los polimorfismos TP53 c.215C>G y ABCB1 c.3435C>T se estudiaron por PCR alelo específica y PCR-RFLP, respectivamente. Las frecuencias alélicas y genotípicas de ABCB1 y TP53 no mostraron diferencias significativas entre pacientes y controles. La distribución de los genotipos de ambos genes en función del valor medio de longitud telomérica de estos pacientes no mostró diferencias significativas entre los individuos portadores de genotipos wild type y variantes. La comparación con el patrón de IG definido por microsatélites demostró que los diferentes genotipos de ABCB1 se asocian con el fenotipo estable. Al evaluar TP53 se estableció que la mayoría de los pacientes (85%) con genotipo wild type CC presentó fenotipo estable mientras que los portadores de genotipos variantes CG/GG (67%) exhibieron IG (p=0,045). Estos resultados indican que el gen ABCB1 no está involucrado en el desarrollo de IG en esta patología. Por otro lado, la variación polimórfica en TP53 mostró una asociación significativa con el fenotipo inestable, sugiriendo que este gen podría ser un marcador tumoral involucrado en la susceptibilidad a inestabilidad genómica y desarrollo de cáncer en EC.